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我正在使用Bcftools从GVCF文件中提取单个样本VCF。bcftools view -f -Oz -s Sample_name -o output_sample.vcf.gz input_file.vcf.gz the file is not BGZF compressed
有没有人知道为什么会这样？
浏览 36提问于2021-03-04得票数 0
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我试图合并使用bcftools的3000个细菌bcf文件。vcf文件是使用GATK生成的，并转换为bcf，并由bcftools进行索引。bcftools继续分析20%的数据，但它总是过早地终止，只为一部分变体(从200万个细菌基因组中产生高达500 2M )产生一个合并的bcf文件。我使用的代码如下：
bcftools1.7/bcftools merge -l VarList.txt -0 --missing-to-ref --threads 1 -O b > CombinedVCF输出错
浏览 1修改于2020-10-05得票数 0
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我的目标是使用bcftools检查我的数据集(vcf文件)中的参考等位基因是否与使用fixref插件的参考基因组(fasta文件)匹配。在命令行上工作时，我首先设置了以下环境： export BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins 对于不匹配的测试数据集，建议使用以下代码： bcftoolsref.fa -m top 当我使用我自己的文件运行这段代码时(请注意，我的数据是.vcf，而不是.bcf)，我得到以下错误： [main] Unre
浏览 173修改于2021-01-03得票数 0
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我试图用以下通用代码使用bcftools生成bcf文件索引是用分类和标记的samtools sort file.bam -o file_sorted.bam然后我跑了我还尝试在txt文件中
浏览 17提问于2022-07-25得票数 0
列表项目
我得到以下错误：Error parsing "--tags F_MISSING": the tag "F_MISSING" i
浏览 12修改于2022-11-23得票数 1
然后我试着 conda install bwaconda install plink2 它们都安装得很好。然而，当我尝试 conda install bcftools-gtc2vcf-plugin 或 conda install -c bioconda bcftools-gtc2vcf-plugin 按照https://bioconda.github.io/recipes/bcftools-gtc2vcf-plugin/RE
浏览 209修改于2020-01-03得票数 0
Unsorted positions on sequence #1: 115352924 followed by 115352606当我使用bcftoolssort对这个VCF进行排序以处理#1时，它会引发一个错误，原因是条目无效.bcftools sort -O z --output-file fn.vcf.gzfn.vcf
Writing to /tmp/<em
浏览 19修改于2021-01-03得票数 1
vcf.gz; do name=${filename##*/} bcftoolsquery -l "$filename" >> ${base}_list.txt bcftools
浏览 8提问于2021-01-21得票数 1
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我想编译最新的github bcftools，但是我在下面看到了这些错误。提到：git clone git://github.com/samtools/bcftools.gitmake
BCFTOOLS_PLUGINS=/path/ to /bcftools<
浏览 10提问于2020-08-31得票数 0
我用的是bcftools norm --m-any。然而，这样的结果对我来说并不合理。下面是一个例子。
浏览 19提问于2022-09-05得票数 0
我试图在Mac上安装bcftools来处理VCF文件，但是在正确安装时，特别是在执行“make”时，我遇到了一些问题。MacBook-Pro-de-Carlos:bcftools carlosvasquezguerra$ make
echo '#define BCFTOOLS_VERSION "1.9-117-g9e81e92/htslib -DPLUGINPATH='"/usr/local/libexec/bcftools&quo
浏览 1修改于2020-10-27得票数 0
MantaINV.txt等)for T in MantaINS MantaINV MantaDEL MantaBND MantaDUP Canvas bcftoolsMantaINV MantaDEL MantaBND MantaDUP Canvas:REF Canvas: GAIN Canvas:LOSS parallel -j6 "bcftools
浏览 5修改于2019-10-30得票数 2
文件 tab-delimited##bcftools_normCommand=norm -m-both -o genome_split.vcfgenome.vcf.gz
##bcftools_normCommand=norm -f /home/cmccabe/Desktop/NGS/picard-tools-1.140/resources/a[2] : "DP=num_Miss
浏览 0修改于2017-11-30得票数 1
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我一直收到关于输出规则中不具有相同通配符的错误，并且我不知道错误的来源是什么： SyntaxError: output: shell: threads:
浏览 76修改于2019-09-10得票数 1
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rule bcftools_call: fa="data/ucsc.hg19.fasta",output:shell:
"bcftoolsmpileup -
浏览 25修改于2021-11-08得票数 0
我试图在RedHat服务器上重新安装bcftools，从bcftools版本1.10更新到至少1.14：给出bcftools --version产量Using htslib 1.10.2
Copyright (C) 2019所以我知道bcftools已经安装好了。, subscription-mana
浏览 0提问于2022-03-29得票数 0
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"{prefix}.bcf" "{prefix}.vcf" "" # optional parameters for bcftoolsview (except -o) "0.38.1/bio/bcftools/view"Building DAG of jobs...:
Failed to open envir
浏览 0提问于2019-10-16得票数 4
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RFILES:=$(wildcard $(RDIR)/*.vcf)OUTFILES=$(patsubst %.vcf,$(OUTDIR)/%.gz,$(RFILES))OUTSOMATIC=SOMATIC$(OUTDIR)/%vardict.gz,$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcfOUTSOMATIC):
$(OUTSO
浏览 7修改于2020-10-05得票数 2
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