Snakemake中没有明显原因的通配符SyntaxError

Question

我一直收到关于输出规则中不具有相同通配符的错误，并且我不知道错误的来源是什么：

SyntaxError:
Not all output, log and benchmark files of rule bcftools_filter contain the same wildcards. This is crucial though, in order to avoid that two or more jobs write to the same file.

...

rule merge_YRI_GTEx:
    input:
        kg=expand("kg_vcf/1kg_yri_chr{q}.vcf.gz", q=range(1,23)),
        gtex=expand("gtex_vcf/gtex_chr{v}.snps.recode.vcf.gz", v=range(1, 23))
    output:
        "merged/merged_chr{i}.vcf.gz"
    shell:
        "bcftools merge \
            -0 \
            -O z \
            -o {output} \
            {input.kg} \
            {input.gtex}"


rule bcftools_filter:
    input:
        expand("merged/merged_chr{i}.vcf.gz", i=range(1,23))
    output:
        filt="filtered_vcf/merged_filtered_chr{i}.vcf.gz",
        chk=touch(".bcftools_filter.chkpnt")
    threads:
        4
    shell:
        "bcftools filter \
            --include 'AN=1890 && AC > 0' \
            --threads {threads} \
            -O z \
            -o {output.filt} \
            {input}"
...
rule list_merged_filtered_vcfs:
    input:
        ".bcftools_filter.chkpnt"
    output:
        "processed_vcf_list.txt"
    shell:
        "for i in {{1..22}}; do \ "
        "echo \"{config[sprime_dir]}/filtered_vcf/merged_filtered_chr${{i}}.vcf.gz\" >> \
        {output}; done"

它抱怨的具体代码行是"bcftools filter \，这对我来说更令人费解。我试着给输入的通配符命名，甚至仔细检查了调用bcftools_filter的output的规则以及生成bcftools_filter的input的规则，但都无济于事，不知道是什么导致了这个错误。

Answer 1

我认为错误来自不包含通配符{i}的chk=touch(".bcftools_filter.chkpnt")。

除此之外，我不确定你的规则是不是很明智。您正在向bcftools filter传递一个输入文件列表(来自expand(...))，但我认为bcftools filter不会接受多个输入文件。此外，您的规则将使用相同的输入文件列表创建输出文件filtered_vcf/merged_filtered_chr{i}.vcf.gz (i的每个值对应一个)。你确定你想要expand("merged/merged_chr{i}.vcf.gz", i=range(1,23))而不只是"merged/merged_chr{i}.vcf.gz"，并给出上游的值吗？