bcftools失败，索引格式错误

Question

我试图用以下通用代码使用bcftools生成bcf文件

bcftools mpileup -Ou -f ref.fai file.bam

索引是用

samtools faidx index.fna

分类和标记的bam是

samtools sort file.bam -o file_sorted.bam
samtools markdup file_sorted.bam file_sorted_md.bam

然后我跑了

bcftools mpileup -Ou -f index.fna.fai file_sorted_md.bam > raw.bcf

接收以下错误

[E::fai_build_core] Format error, unexpected "N" at line 1

索引的一般视图是

NM_001248012.2  2447    80      2447    2448
NM_001248013.1  612     2593    612     613
NM_001248014.1  1919    3266    1919    1920
NM_001248015.2  552     5264    552     553
NM_001248016.2  1074    5917    1074    1075
NM_001248017.2  788     7070    788     789
NM_001248019.2  1069    7940    1069    1070
NM_001248020.2  970     9088    970     971
NM_001248022.3  832     10137   832     833
NM_001248023.2  890     11048   890     891
NM_001248024.1  808     12017   808     809
NM_001248025.3  884     12904   884     885
NM_001248026.3  929     13867   929     930

我已经试过从所有行中删除"N“，然后删除所有字母字符，但仍然会出现数字错误，如

[E::fai_build_core] Format error, unexpected "0" at line 1

我还尝试在txt文件中传递bam文件

ls | grep file_sorted_md.bam > bam_list.txt
bcftools mpileup -Ou -f index.fna.fai -b bam_list.txt > raw.bcf

但不能继续

也在web上搜索错误，但会出现其他不同的错误。

问题是什么，我如何解决？

Answer 1

问题是，尽管必须已经构建了一个索引，但是在下面的代码中，

bcftools mpileup -Ou -f index.fna.fai -b bam_list.txt > raw.bcf

参考基因组必须通过

bcftools mpileup -Ou -f reference.fna -b bam_list.txt > raw.bcf