在bcftools中使用for循环

Question

我有一个文件夹，其中有900个文件名如下：

chr1_643632542_63643636.vcf.gz
chr1_23634521_626356.vcf.gz
chr2_363643262346_234324.vcf.gz
chr2_1345_21346.vcf.gz
....
chr22_134545_3245145.vcf.gz 

我试图用循环索引每个文件：

for i in {1..22}
do 
  bcftools index -t -f chr${i}_*_*.vcf.gz 
done 

因此，我的结论是：

chr1_643632542_63643636.vcf.gz
chr1_643632542_63643636.vcf.gz.tbi
chr1_23634521_626356.vcf.gz
chr1_23634521_626356.vcf.gz.tbi
chr2_363643262346_234324.vcf.gz
chr2_363643262346_234324.vcf.gz.tbi
chr2_1345_21346.vcf.gz
chr2_1345_21346.vcf.gz.tbi
....
chr22_134545_3245145.vcf.gz 
chr22_134545_3245145.vcf.gz.tbi

但是，当我运行上述循环时，我只获得第一个染色体条目的索引文件，其余部分被忽略(即一个chr1____.vcf.gz.tbi文件只被索引，其余部分被忽略，然后是第一个chr2文件和第一个chr3文件等等)。

我会很感激你的帮助。

万事如意

Answer 1

也许可以直接遍历文件名：

for i in chr*.vcf.gz
do 
  bcftools index -t -f $i 
done