以#符号开头的awk重复行

Question

在下面的awk中，有一种只处理模式#CHROM下面的行的方法，但是要打印输出中的所有行。我遇到的问题是，如果忽略所有带有#的行，它们都会在输出中打印，但是没有#的其他行会被复制。在我的数据文件中有数千行，但是只有下面的单一格式是由awk更新的。谢谢:)。

文件 tab-delimited

##bcftools_normVersion=1.3.1+htslib-1.3.1
##bcftools_normCommand=norm -m-both -o genome_split.vcf genome.vcf.gz
##bcftools_normCommand=norm -f /home/cmccabe/Desktop/NGS/picard-tools-1.140/resources/ucsc.hg19.fasta -o genome_annovar.vcf genome_split.vcf
#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT
chr1    948797  .   C   .   0   PASS    DP=159;END=948845;MAX_DP=224;MIN_DP=95  GT:DP:MIN_DP:MAX_DP 0/0:159:95:224

awk

awk '!/^#/
BEGIN {FS = OFS = "\t"
}
NF == 10 {
split($8, a, /[=;]/)
$11 = $12 = $13 = $14 = $15 = $18 = "."
$16 = (a[1] == "DP") ? a[2] : "DP=num_Missing"
$17 = "homref"
}
1' out > ref

电流输出 tab-delimited

##bcftools_normVersion=1.3.1+htslib-1.3.1
##bcftools_normCommand=norm -m-both -o genome_split.vcf genome.vcf.gz
##bcftools_normCommand=norm -f /home/cmccabe/Desktop/NGS/picard-tools-1.140/resources/ucsc.hg19.fasta -o genome_annovar.vcf genome_split.vcf
#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT
chr1    948797  .   C   .   0   PASS    DP=159;END=948845;MAX_DP=224;MIN_DP=95  GT:DP:MIN_DP:MAX_DP 0/0:159:95:224   --- duplicated line ---
chr1    948797  .   C   .   0   PASS    DP=159;END=948845;MAX_DP=224;MIN_DP=95  GT:DP:MIN_DP:MAX_DP 0/0:159:95:224  .   .   .   .   .   159 homref  .    --- this line is correct ---

期望输出 tab-delimited

##bcftools_normVersion=1.3.1+htslib-1.3.1
##bcftools_normCommand=norm -m-both -o genome_split.vcf genome.vcf.gz
##bcftools_normCommand=norm -f /home/cmccabe/Desktop/NGS/picard-tools-1.140/resources/ucsc.hg19.fasta -o genome_annovar.vcf genome_split.vcf
#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT
chr1    948797  .   C   .   0   PASS    DP=159;END=948845;MAX_DP=224;MIN_DP=95  GT:DP:MIN_DP:MAX_DP 0/0:159:95:224  .   .   .   .   .   159 homref  .

Answer 1

你的第一份声明：

/^#/

上面写着“打印以#开头的每一行”，最后一行是：

1

上面写着“打印每一行”。因此，输出中出现了重复行。

如果只修改不以#开头但打印所有行的行，则如下所示：

!/^#/ { do stuff }
1