Snakemake无法打开环境文件: HTTP错误404: Not

Question

在使用snakemake版本5.5.2时，如下所示：

rule bcf_to_vcf:
    input:
        "{prefix}.bcf"
    output:
        "{prefix}.vcf"
    params:
        ""  # optional parameters for bcftools view (except -o)
    wrapper:
        "0.38.1/bio/bcftools/view"

我得到以下错误：

Building DAG of jobs...
WorkflowError:
Failed to open environment file https://bitbucket.org/snakemake/snakemake-wrappers/raw/0.38.1/bio/bcftools/view/environment.yaml:
HTTPError: HTTP Error 404: Not Found

显然，bitbucket上的包装文件已经不可用了。

Answer 1

TL/DR：

要使用snakemake-wrappers version 0.38.1及更高版本，您需要使用snakemake version 5.7.0或更高版本。

发生了什么事：

Snakemake (和snakemake)最近从bitbucket迁移到Github。这对snakemake内部使用的snakemake包装器存储库的路径造成了一些轻微的不便。解决这一问题的最简单方法是将snakemake更新为5.7.0或更新版本。这些版本已经使用了Github版本的新路径。

虽然snakemake包装器的bitbucket回购仍然在线，但它只包含snakemake包装版本0.38.0和更低版本。要使用更高版本的snakemake(在上面的代码中是0.38.1 )，您需要一个更新版本的snakemake，它从snakemake中提取工作流数据。