Bcftools 1.16能添加F_MISSING标签吗？

Question

1. 列表项目

我尝试使用bcftools 1.16添加F_MISSING标记。当我运行以下命令时：bcftools +fill-tags input.vcf.gz -- -t 'F_MISSING' | bcftools view -i 'INFO/F_MISSING<0.25' -Oz -o output.vcf.gz

我得到以下错误：Error parsing "--tags F_MISSING": the tag "F_MISSING" is not supported

使用bcftools 1.15可以很好地运行此命令。但是，1.15版会使我在snakefile中使用的其他包变得复杂。您知道如何使用bcftls 1.16添加F_MISSING吗？

我使用conda install -c bioconda bcftools在新创建的conda中安装了bcftools1.16，如https://anaconda.org/bioconda/bcftools中所示

当我键入bcftools +fill-tags --version时

使用htslb1.9的bcftools 1.9

在1.9下使用htslib 1.9的插件

##SOLUTION##

事实上，问题是我没有安装Conda的最新版本。我通过将.condarc文件更改为solelely来解决这个问题，其中包括以下几行：

channels:
    - conda-forge
    - bioconda
    - defaults

秩序也是至关重要的。

Answer 1

我只是在这里给出一个部分的回答：

但是，1.15版会使我在snakefile中使用的其他包变得复杂。

您可以通过让snakemake使用专用的conda环境来解决这个问题，因为规则需要bcftools 1.15。例如：

rule fill_tags:
    input:
        ...
    output:
        ...
    conda:
        "envs/bcftools-1.15.yaml"
    shell:
        r"""
        bcftools +fill-tags {input.vcf} -- -t 'F_MISSING' \
        | bcftools view -i 'INFO/F_MISSING<0.25' -Oz -o {output.vcf}
        """

其中envs/bcftools-1.15.yaml包含如下内容：

dependencies:
  - bcftools=1.15

然后使用标志--use-conda运行snakemake