对所有规则执行一次makefile

Question

我编写了一个makefile来准备一些文件。我创建原始目录，然后使用文件夹中的文件启动其他规则。

RDIR=.
RFILES:=$(wildcard $(RDIR)/*.vcf)
OUTDIR=ORIGINAL
OUTFILES=$(patsubst %.vcf,$(OUTDIR)/%.gz,$(RFILES))
BCFTOOLS=bcftools 
OUTSOMATIC=SOMATIC
OUTVARDICT=$(patsubst 
$(OUTDIR)/%vardict.gz,$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcf,$(wildcard 
$(OUTDIR)/*vardict.gz))
OUTMUTEC2=$(patsubst 
$(OUTDIR)/%mutect2_all.gz,$(OUTSOMATIC)/%mutect2.somatic.vcf,$(wildcard 
$(OUTDIR)/*mutect2_all.gz))

OUTVARSCAN2=$(patsubst 
$(OUTDIR)/%varscan.gz,$(OUTSOMATIC)/%varscan2.somatic.vcf,$(wildcard 
$(OUTDIR)/*varscan.gz))

.PHONY: all

all: $(OUTDIR) $(OUTFILES) $(OUTSOMATIC) $(OUTVARDICT) $(OUTMUTEC2) 
$(OUTVARSCAN2)


$(OUTDIR)/%.gz: %.vcf
    bgzip -c $<  > $@


$(OUTDIR):
    test -d $@ || mkdir $@

$(OUTSOMATIC):
    test -d $@ || mkdir $@



$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%vardict.gz
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS -i 'INFO/STATUS ~ ".*Somatic"' $<  > $@



$(OUTSOMATIC)/%mutect2.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%mutect2_all.gz
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS $<  > $@



$(OUTSOMATIC)/%varscan2.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%varscan.gz
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS -i 'SS="2"' $<  > $@




clean:
    rm -rf $(OUTDIR)
    rm -rf $(OUTSOMATIC)

我需要启动3次让-f生成文件来执行所有规则。如何改进这个脚本？

正确的方法是什么？谢谢你的帮助

Answer 1

如果我正确理解，makefile就是将一个目录中的vcf文件压缩到第二个目录中的gz文件中，然后使用这些gz文件在第三个目录中构建vcf文件(根据需要构建目录)，而最终的vcf文件才是真正的目标。

如果您修改变量赋值以从计划的gz文件中派生目标名称，而不是已经存在的gz文件，则可以一次完成此操作：

OUTVARDICT=$(patsubst $(OUTDIR)/%vardict.gz,$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcf,$(filter $(OUTDIR)/%vardict.gz, $(OUTFILES)))

OUTMUTEC2= $(patsubst $(OUTDIR)/%mutect2_all.gz, $(OUTSOMATIC)/%mutect2.somatic.vcf, $(filter $(OUTDIR)/%mutect2_all.gz, $(OUTFILES)))

OUTVARSCAN2 = $(patsubst $(OUTDIR)/%varscan.gz,$(OUTSOMATIC)/%varscan2.somatic.vcf, $(filter $(OUTDIR)/%varscan.gz, $(OUTFILES)))

并修改规则，以允许Make来确定要构建哪些中间产品：

all: $(OUTVARDICT) $(OUTMUTEC2) $(OUTVARSCAN2)

$(OUTDIR)/%.gz: %.vcf $(OUTDIR)
    bgzip -c $<  > $@

$(OUTDIR):
    test -d $@ || mkdir $@

$(OUTSOMATIC):
    test -d $@ || mkdir $@

$(OUTSOMATIC)/%.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%vardict.gz $(OUTSOMATIC)
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS -i 'INFO/STATUS ~ ".*Somatic"' $<  > $@

$(OUTSOMATIC)/%mutect2.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%mutect2_all.gz $(OUTSOMATIC)
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS $<  > $@

$(OUTSOMATIC)/%varscan2.somatic.vcf: $(OUTDIR)/%varscan.gz $(OUTSOMATIC)
    $(BCFTOOLS)  view  -f PASS -i 'SS="2"' $<  > $@