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问bcftools视图的输出格式
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Stack Overflow用户

提问于 2021-03-04 18:14:47

回答 1查看 158关注 0票数 0

我正在使用Bcftools从GVCF文件中提取单个样本VCF。

bcftools view -f -Oz -s Sample_name -o output_sample.vcf.gz input_file.vcf.gz

不幸的是，尽管使用了-Oz标志，但输出的格式似乎并不是Bgzip压缩的。

    bcftools index output_sample.vcf.gz
the file is not BGZF compressed

有没有人知道为什么会这样？

回答已采纳

发布于 2021-03-10 00:45:55

您也可以尝试

bgzip -c outputfile.vcf > outputfile.vcf.gz

别忘了给你的文件建立索引

bcftools index outputfile.vcf.gz

票数 1

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/66472946

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