snakemake RuleException，如果在命令行界面中运行命令，则工作正常；但如果在snakemake中运行，则失败；

Question

rule bcftools_call:
input:
    fa="data/ucsc.hg19.fasta",
    bam=expand("sorted_reads/{sample}.bam", sample=SAMPLES),
    bai=expand("sorted_reads/{sample}.bam.bai", sample=SAMPLES)
output:
    "calls/all.vcf"
shell:
    "bcftools mpileup -f {input.fa} {input.bam} |"
    " bcftools call -mv - > {output}"

运行此规则时，会出现错误

CalledProcessError in line 37 of/public/home/wangdl/duolin_work_dir/test/snakemake/snakefile.smk:
Command ' set -euo pipefail;  bcftools mpileup -f data/ucsc.hg19.fasta sorted_reads/A.bam sorted_reads/B.bam | bcftools call -mv - > calls/all.vcf ' returned non-zero exit status 1.

但是，如果我在CLI中运行这个命令，它工作得很好

set -euo pipefail;  bcftools mpileup -f data/ucsc.hg19.fasta sorted_reads/A.bam sorted_reads/B.bam | bcftools call -mv - > calls/all.vcf

注意:没有给定-- samples -file、--ploidy或--ploidy-file，假设所有站点都是2个输入文件中的2个样本

那为什么呢？

Answer 1

要排除故障，请尝试将管道拆分为两个命令，并查看其中是否有任何命令失败。例如，像这样：

shell:
    r"""
    bcftools mpileup -f {input.fa} {input.bam} > {output}.tmp
    bcftools call -mv {output}.tmp > {output}"
    rm {output}.tmp
    """"