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我在chr16_bam文件夹中有一个bam文件列表，还有一个注释文件sgseq_sam.txt。org.Hs.eg.db)library(AnnotationDbi)library(stringr)
setwd("C:/Users/User/Downloads/")
bamPath =
浏览 4提问于2022-02-18得票数 1
我试图在与特定扩展.bam匹配的目录中列出.bam，但只列出没有.bam的filename。我想我也可以删除所有文件和sort -u中的扩展名，但我不确定。谢谢:)。目录文件file1.vcffile2.vcffile3.vcffor i in *.bam; do echo "
浏览 1提问于2016-07-02得票数 0
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_validation.txtdone >> "$logfile"else
echo "The bam file is corrupted and has been r
浏览 5提问于2016-05-06得票数 0
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idxstatsNote: none of --samples-file, --ploidy or --ploidy-fileto open -: unknown file typeNote: none of --samples-file, --ploidy--r
浏览 18提问于2022-02-25得票数 0
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我需要运行一个java程序来合并多个扩展名为*bam的文件。该程序的结构如下：I=file1.bam \I=file3.bam \因此，我尝试对一个目录中的所有*bam文件运行此程序。file1.bamfile3
浏览 5修改于2017-12-07得票数 0
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在同一个目录中，我还有一个csv文件，其中包含4列：FileID, File.name, Donor, Type
假设目录中的bam文件是：Donor.1234-xyz.bam, Donor.5678-abc.bam, Donor.1011-def.bam, Donor.1213-ghi.bam (它与名为csv文件的名为File.name的第2列中的名称相匹配)。因此，如果Donor.1234-xyz.bam也在csv文件的File
浏览 7修改于2022-05-09得票数 0
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./__.txt -F SAF -readExtensions3 200 -o ___.tsv -O file1.bam file2.bam file3p.bam file4.bam file5.bamfile6.bam file7.bam file8.bam fea
浏览 58提问于2020-06-08得票数 0
} \ """
get_dedup_input返回输入bam文件的列表。如果我只有一个bam文件，我可以简单地编写-I {input}，但是这失败了，因为这指定了-I file1.bam file2.bam，它需要是-I file1.bam</em
浏览 5修改于2020-03-03得票数 1
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_007.bamfile2.gz2-15-2016IonXpress_002.bam testname2testname8_78524testname1_12345.bamtestname3_9012.bam<
浏览 3修改于2016-03-04得票数 2
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; do bname=`basename $f` echo "End bam validation creation: $(date) - File: $f" echo "Start/bam_v
浏览 2提问于2016-05-05得票数 0
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我的当前目录结构是 /shared/dir2/file2.bam我希望将各种.bam文件转换为结果目录中的results/file1_1.fastq.gz result
浏览 5修改于2017-08-21得票数 1
/data/file1.bam]=33285268BAMREADS[../data/file1.bam ../data/file2.bam ../data/file3.bam
到目前为止，这个数组的行为似乎与我预期的一样。现在，我想在这个数组的
浏览 0提问于2018-08-24得票数 4
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:$re)/, glob '*.bam';
foreach my $line(@lines) { my $command = "picard MergeSamFiles $file OUTPUTherc2.bam M
浏览 1修改于2015-04-06得票数 0
我的例子是：samtools idxstats filename.bam > filename.txt
samtools pileup -vcf
浏览 0修改于2014-05-01得票数 1
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我的bamFiles目前是"11.bam“"114.bam”"132.bam“"60.bam”。我想将chr16_添加到每个文件的前面。这些名称应该返回到bamFiles字符向量中。代码：for(f in bamPath){file.rename(list.files(pattern="
浏览 6修改于2022-02-18得票数 0
我知道，对你们中的许多人来说，这太容易了file1.bam, ...., file1000.bamsamtoolsview -c -F 4 file1.bam # and 2
现在，我正在努力地将所有for循环的结果放在一个类似于下面的文本文件中file1
浏览 5修改于2022-03-19得票数 1
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<string> string bam_file_path("myfile.bam");
浏览 46修改于2018-10-21得票数 4
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档案-11_10 PL1413_12 GH2013_35 GT1914_131GH4215_28 GT3016_3 CE1head File-2gene_id HK.1.bam HK.2.bam HK.Hu.bam<
浏览 7修改于2022-06-28得票数 0
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在我的名为folder1/checkthese/*.bam的文件夹中，这些文件是：file1_aln_sorted.bam
我有一个脚本来检查我是否有未排序的文件(它只是*_aln.bam)和排序的文件(*_aln_sorted.bam)，但我无法让我的脚本正确运行，这取决于它们是否都存在。echo "both files exist, need to delete unsorted file
浏览 0修改于2021-01-31得票数 0
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