在shell中的单个文件中的多个文件中写入for循环的结果

Question

我刚开始使用shell脚本(bash/awk.等等)，所以请原谅我的愚蠢问题。我知道，对你们中的许多人来说，这太容易了

我有多个像这样的文件：

file1.bam, ...., file1000.bam

对于我在终端中写的每一个文件，我都会使用以下命令，并以一个数字作为结果

samtools view -c -F 4 file1.bam 
9
# and 
samtools view -c -f 4 file1.bam 
2

现在，我正在努力地将所有for循环的结果放在一个类似于下面的文本文件中

file1         9      2
...        ...      ...
file1000    100     50

到目前为止我已经写了

for each in .bam
do
 echo ${each}
 samtools view -c -F 4 ${each}.bam 
 samtools view -c -f 4 ${each}.bam 
done

编辑：输出

samtools view -c -F 4 file1.bam | hexdump -C

00000000  39 0a                                             |9.|
00000002

Answer 1

我建议使用bash

for each in *.bam; do
  data1=$(samtools view -c -F 4 "${each}")
  data2=$(samtools view -c -f 4 "${each}")
  echo -e "${each}\t${data1}\t${data2}"
done

Answer 2

考虑在循环之外进行最后输出的收集和生产：

for each in *.bam; do
    printf '%s\n' "${each%.*}"
    samtools view -c -F 4 "$each"
    samtools view -c -f 4 "$each"
done |
awk -v OFS='\t' '{a[NR%3]=$0} NR%3==0{print a[1], a[2], a[0]}'