如何在python中定义循环中的缩进

Question

下面是我的目录的一个示例：

> SSSRRR2.bam               SSSRRR24.bam     
> 
> SSSRRR2.bam.bai           SSSRRR24.bam.bai
> 
> SSSRRR2.split.bam         SSSRRR24.split.bam
> 
> SSSRRR2.ump.fastq         SSSRRR24.ump.fastq

我需要的唯一文件是每个ID的.split.bam和.bam文件，以便应用subprocess.check_output。这是我编写的python脚本：

#!/usr/bin/env python

import os
import subprocess


if __name__=='__main__':
    path = os.getcwd()
    dir_files = os.listdir(path)
    pair_reads = {}


    for file in sorted(dir_files):
        if file.endswith(".split.bam"):
            ID_1 = file.split(".")[0]
            file1 = file

        if file.endswith(".bam") and not file.endswith(".split.bam") and not file.endswith(".bam.bai"):
            ID_2 = file.split(".")[0]
            file2 = file

        if ID_1 == ID_2:
             pair_reads[file1] = file2

    for key, value in pair_reads.items():
#        print(key)
        name = key.split(".")[0]
        subprocess.check_output("tepid-discover -k -d -i --strict -D -p 36 -n " + name + " -c " + key + " s " + value, shell  = True)

然而，当我应用循环时，我的问题是缩进。如果if的每个块是相互独立的，那么如何将连接引入到这两个块，例如在这个块中：

if ID_1 == ID_2:
    pair_reads[file1] = file2

这就是我遇到的错误：

if ID_1 == ID_2:
NameError: name 'ID_1' is not defined

另外，我使用的是python2，因为该程序与python2一起工作。

提前谢谢你的帮助。我希望我说得很清楚。

Answer 1

在循环的一次迭代中，只能定义一个ID_1和ID_2，因为它一次只查看一个文件，这两个条件是相互排斥的。

这个问题有两个简单的解决方法:您可以给出ID_1和ID_2默认值，或者在检查它们是否相同之前添加另一个条件(例如，“如果定义了两个ID并且它们是相同的”)。

但是，这可能无法使您的程序工作，因为os.listdir可能以与您预期不同的顺序列出文件。

最简单的解决方案可能是只查看.split.bam文件或.bam文件，然后自己构建另一个文件。

import os

for file in os.listdir(path):
    # separate the last two file extensions from the base name
    basename, *extensions = file.rsplit(os.extsep, 2)
    if extensions == ['split', 'bam'] and basename:
        # found basename.split.bam
        bamfile = basename + '.bam'
        if os.path.exists(bamfile):
            # use basename, bamfile, and file however you want
            subprocess.check_output(...)

这将查找每个.split.bam文件，并在运行最后一行之前检查对应的.bam文件是否存在。

Answer 2

这似乎与缩进没有任何关系。您的程序不会运行第一个if语句。我不知道你想做什么，但是你可以把这个比较嵌套在

try: 
    ID_1 and ID_2
except:
    print("qwe")