如何通过python调用/运行软件？

Question

我正在尝试创建一个简单的脚本来一个接一个地运行不同的任务，但我不知道如何通过python脚本运行该程序！我知道这应该很简单！但是我到处都找不到它。我的例子是：

samtools merge filename.bam file1.sorted.bam file2.sorted.bam file3.sorted.bam file4.sorted.bam

samtools index filename.bam 
samtools idxstats filename.bam > filename.txt 
samtools pileup -vcf path/filename.fa filename_sorted.bam

我希望python运行第一个命令，并在它完成后转到下一个命令！重要的是要等到它完成！

Answer 1

from subprocess import call # call runs an external program and waits for it to quit

for command in ("samtools merge filename.bam file1.sorted.bam file2.sorted.bam file3.sorted.bam file4.sorted.bam", 
                "samtools index filename.bam", 
                "samtools idxstats filename.bam > filename.txt", 
                "samtools pileup -vcf path/filename.fa filename_sorted.bam"):
    # shell=True is so you can handle redirects like in the 3rd command
    call(command, shell=True) 

Answer 2

使用subprocess module。在页面的底部有很多例子。