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假设我有以下结构： File-1 File-4 File-5 File-1 * File-3 Folder-A-1 File
浏览 0提问于2018-04-28得票数 1
4回答
[1] "Blast1.bam" "Blast10.bam" "Blast11.bam" "Blast12.bam" "Blast13.bam" "Blast14.bam" "Blast15.bam"
[8] "Blast16.bam" "Blast17.bam&
浏览 4提问于2021-07-19得票数 1
我需要删除(包括) "BAM/“之前的字符，并且只保留"BAM/"之后的字符并获得result。我想在循环中使用它作为输出的列名，这样一个班轮就更合适了。my.files<-c("/media/BAM/14066.bam","/data/BAM/14091.bam","/code/BAM
浏览 1提问于2015-08-14得票数 1
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> ls
out.barcoded.subreads.bam out.subreads.060--060.bam.pbi out.subreads.090--090.subreadset.xml out.subreads.149--149.bam out.subreads.192--192.bam.pbi out.subreads.249--249.subreadset.xml out.subreads.285--285.ba
浏览 34修改于2021-01-06得票数 3
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我有像这样的文件1_6_fa.bam 1_7_fa.bam1_8_fa.bam 1_9_fa.bam 1_0_mo.bam 1_1_mo.bam
1_2_mo.bam 1_3_mo.bam 1
浏览 4提问于2015-04-15得票数 2
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我有一个这样的bam.txt文件：exomesinglesample_out/bam/pfg002G.GRCh38DH.target.bam(l)
[{'bam': None, 'bam_index': None}, {'bam': None,
浏览 3提问于2021-02-26得票数 0
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我有三个来自3个不同样本的单细胞bam文件，我需要通过集群将它们分成更小的bam。然后，我需要为相同的集群合并来自不同样本的bam文件。我试着使用检查点，但有点迷路了。the split_bam.sh will split the bam file to "01split_bam/{sample}/{sample}_{cluster_id}.bam"
def merge_bam_input的输入将发生变化：
浏览 16修改于2019-07-03得票数 2
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我有以下文件，它将作为变量读入脚本中：/path/sample_B.bam B 1/path/sample_C2.bam C 2 /path/sample_A_string.bam A 1
&#
浏览 0修改于2019-01-29得票数 1
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_data.bam", "HG00117.bam_herc2_data.bam",
"HG00119.mapped.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam_herc2_phase1.bam
浏览 2修改于2015-03-16得票数 1
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basic command: I=input_1.bam \ O=merged_files.bam.bam \ ... \ I=input_10.bam \java-jar picard.jar MergeSamFiles
浏览 64修改于2017-12-22得票数 0
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我希望使用以下命令行在文件夹中创建一个BAM文件列表：但是，我想把它整合到snakemake中。怎么做？这是我试过的，但没有用： input: output: shell:
浏览 6提问于2020-10-20得票数 0
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每个文件的格式都是: SampleName.bam.S.txt。 Example: 7805.bam.S.txt 7806.bam.S.txt 7808.bam.S.txt etc...cut -f 1,7 {} > {}.F \; and
2) for f in '*.S.txt';do cut -f 1,7 "$f" > "$f".F;done 我想要的是我的目录现在是 7805.bam.S.txt7805.bam</em
浏览 19提问于2021-02-02得票数 0
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我有以下代码： if(foo) { if(bar) {public int doBam(int bam) { bam += 1;// bam += 1
浏览 0提问于2010-11-19得票数 28
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我是新手使用snakemake，我有一个问题，当使用PICARD MergeSamFiles合并bam文件为一个bam文件。我想将1_sorted.bam 2_sorted.bam ...10_sorted.bam合并为一个带有目录名的bam文件。}_sorted.bam") files = expand("bam</e
浏览 29修改于2019-05-27得票数 1
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我试图在一个循环中处理多个bam文件，使用该标准，并且存在一个问题，即每个文件覆盖另一个文件。--bam xxx \是唯一会改变的行，xxx取决于目录中的bam文件。目录中的文件--不会总是3yyy_01.bam标准 ${path_to_strelka}/bin/configureStrelkaGermlineWorkflow.py\
浏览 5提问于2019-12-23得票数 0
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我有以下文件名，并希望将它们分组：C7_S6_L001.sorted.bamC7_S6_L003.sorted.bamGroup2：CL3_S8_L002.sorted.bamCL3_S8_L004.sorted.bamCL5-B1
浏览 0提问于2016-02-15得票数 0
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/LC1a_S1_R1_001.fastq.bam.txt", "./LC1a_S1_R1_001.fastq.bam.txt", "./LC1a_S1_R1_001.fastq.bam.txt",
"./L
浏览 10修改于2020-05-27得票数 0
# Sample 1 BAM filesOVCA-1-FRESH-1_S16_L002_realigned.bamOVCA-1-FRESH-1_S16_L004_realigned.bam
OVCA-2-FRESH-1_S16_L001_realigned.bam
OVCA
浏览 1提问于2018-08-15得票数 2
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.bam5891_2_AD3876_ACACGGTT_S2_R1.bam除AD*外，我希望删除所有内容，以便生成的文件名为：AD3884.bam.baiAD3875.bam.baiAD3876例如：
5891_1_0_a
浏览 0修改于2020-06-12得票数 3
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=$5 BAM3=$7 BAM4=$8 OUTPUT_FILE=$11BAM2="/filepath/SRR573705.realigned.bam"
BAM3=
浏览 3提问于2015-05-13得票数 2
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