逐行读取文件并运行java程序

Question

我需要运行一个java程序来合并多个扩展名为*bam的文件。该程序的结构如下：

java -jar mergefiles.jar \
I=file1.bam \
I=file2.bam \
I=file3.bam \
O=output.bam

因此，我尝试对一个目录中的所有*bam文件运行此程序。最初，我尝试使用*bam文件(filenames.txt)的名称创建一个列表。

file1.bam
file2.bam
file3.bam

并使用'while‘命令，例如：

while read -r line; do
java -jar MergeFiles.jar \
I=$line \
O=output.bam
done < filenames.txt

但是，程序为文本文件中的每个*bam文件执行，而不是全部执行(每次仅合并一个文件，并覆盖输出)。那么，如何运行该程序以递归方式合并所有*bam文件呢？

另外，在bash中还有其他选项(例如，使用循环for)来解决这个问题吗？

提前谢谢。