如何重命名目录中的所有文件？

Question

我的bamFiles目前是"11.bam“"114.bam”"132.bam“"60.bam”。我想将chr16_添加到每个文件的前面。这些名称应该返回到bamFiles字符向量中。

代码：

bamPath = "C:/Users/User/Downloads/chr16_bam"
for(f in bamPath){file.rename(list.files(pattern=".bam$", all.files=F, full.names=F), paste("chr16", sep="_", f))}

回溯：

Error in file.rename(list.files(pattern = ".bam$", all.files = F, full.names = F),  : 
  'from' and 'to' are of different lengths

预期产出：

"chr16_11.bam"  "chr16_114.bam" "chr16_132.bam" "chr16_60.bam" 

Answer 1

也许我在这里什么都没得到。如果您的问题仅仅是重命名一堆文件，这应该是可行的。

我将您提到的文件添加到我的主文件夹中：11.bam、114.bam、132.bam、60.bam。

> oldfiles = list.files("~/", pattern = "*.bam")
> oldfiles
# [1] "11.bam"  "114.bam" "32.bam"  "60.bam" 
> 
> newfiles = paste0("chr16_", oldfiles)
> newfiles
# [1] "chr16_11.bam"  "chr16_114.bam" "chr16_32.bam"  "chr16_60.bam" 
> 
> file.rename(oldfiles, newfiles)
# [1] TRUE TRUE TRUE TRUE
> 
> list.files("~/", pattern = "*.bam")
# [1] "chr16_11.bam"  "chr16_114.bam" "chr16_32.bam"  "chr16_60.bam" 

Answer 2

试试看这个解决方案，它在我的末端完美地工作，现在轮到你了

> library(reproducible) 
> bamPath = "C:/Users/User/Downloads/chr16_bam"
> files <- list.files(bampath ,pattern = "*.bam",full.names = T)
> sapply(files,FUN=function(eachPath){ 
  file.rename(from=eachPath,to= .prefix(eachPath, "chr16_"))
})

控制台日志应该如下所示

C:/Documents/Sample/16_161.bam                                                                                                              
TRUE 

C:/Documents/Sample/16_162.bam                                                                                                              
TRUE

C:/Documents/Sample/16_163.bam                                                                                                              
TRUE 

如果您正在获得"TRUE"，那么它的重命名也会检查文件保存的文件夹