如果文件与csv列中的名称匹配，如何重命名它们？

Question

我在一个目录中工作，其中有很多(大约100个)具有特定名称的BAM文件。在同一个目录中，我还有一个csv文件，其中包含4列：FileID, File.name, Donor, Type

假设目录中的bam文件是：Donor.1234-xyz.bam, Donor.5678-abc.bam, Donor.1011-def.bam, Donor.1213-ghi.bam (它与名为csv文件的名为File.name的第2列中的名称相匹配)。

我不太熟悉编码，所以我会尝试解释我想做什么。我希望脚本用名称Donor+Type重命名文件夹中的bam文件(第3和第4列)。因此，如果Donor.1234-xyz.bam也在csv文件的File.name列中找到，那么我希望用第3和第4列中的字符串调用它(基本上，我希望将bam名称替换为供体和类型的对应列中的所有内容)。

    BAM_FILE="*.bam"
    BAM=$BAM_FILE
    NAME="cat kich.csv | cut -f2 -s"
    NM=$NAME
    DONOR="cat kich.csv | cut -f3 -s"
    DO=$DONOR
    TYPE="cat kich.csv | cut -f4 -s"
    TY=$TYPE    
    for file_name in "$BAM"; 
    do
    if [[ "$file_name" == "$NM" ]] then 
    mv ${file_name} ${DO}_${TY} ;    
    done

但这并不是真的，就像我说的，我还是天真的。所以，你能帮我解决这个问题吗？

Answer 1

假设您的文件是这样的：

$ cat file.csv     
01;file01;part1;part2
02;file02;part3;part4

你可以试试

while read -r line;
do
   file=$(echo $line | cut -d";" -f2)
   newName=$(echo $line | cut -d";" -f3)_$(echo $line | cut -d";" -f4)    

   mv $file $newName

done < file.csv

Answer 2

#!/bin/bash

while IFS=, read -r id name donor type; do
    in="${name}.bam"
    ! [ -f "$in" ] && continue

    out="${donor}_${type}.bam"
    if [ -f "$out" ]; then
        echo "output exists: $out"
        continue
    fi

    echo mv -iv "$in" "$out"
done <kich.csv

Answer 3

让我们假设目录包含

Donor.1011-def.bam
Donor.1234-xyz.bam
Donor.5678-abc.bam
kich.csv

而kich.csv包含

1,Donor.1234-xyz.bam,DO1,TY1
2,Donor.5678-abc.bam,DO2,TY2
3,Donor.1011-def.bam,DO3,TY3
4,Donor.1213-ghi.bam,DO4,TY4

(请注意，csv文件包含的比目录中的更多)

我不会循环这些文件，而是遍历csv文件的内容：

while IFS=, read -r id filename donor type; do
    if [[ -f "$filename" ]]; then
        echo mv "$filename" "${donor}_${type}"
    fi
done < kich.csv

哪种输出

mv Donor.1234-xyz.bam DO1_TY1
mv Donor.5678-abc.bam DO2_TY2
mv Donor.1011-def.bam DO3_TY3

这个循环是：

从csv文件(< kich.csv);

• splitting读取行到逗号分隔的字段(IFS=, read -r id filename donor type)

• checking，以查看csv文件中列出的文件名是否存在([[ -f "$filename" ]])

• then，([[ -f "$filename" ]])

• then发出mv命令.

。

如果您对该输出感到满意，请删除echo以实际重命名文件。