如何修复miniconda (Linux)中出现错误的无效选项" featureCounts : featureCounts -- 'r'“

Question

在Windows10计算机上的Linux子系统中，featureCounts是在minconda下调用的。

  featureCounts -a /mnt/d/.../__.txt -F SAF -readExtensions3 200 -o ___.tsv -O file1.bam file2.bam file3p.bam file4.bam file5.bam file6.bam file7.bam file8.bam

这总是会导致出现错误消息

    featureCounts: invalid option -- 'r'

    Version 2.0.1

    Usage: featureCounts [options] -a <annotation_file> -o <output_file> input_file1 [input_file2] ...

    ## Mandatory arguments:

      -a <string>         Name of an annotation file. GTF/GFF format by default. See...

然后重新打印featureCounts函数的必选参数和可选参数。

有人知道错误消息"invalid option --'r'“是什么意思吗？我怎么才能修复它呢？

在命令提示符(或Mac上的终端)中调用featureCounts与在Linux/miniconda3中调用有什么不同？

Answer 1

您似乎输入了错误的选项名称，它应该是--readExtension3，前面有两个破折号，末尾没有's‘。我在--fraction上遇到了类似的问题，这让我来到了这里！