Bash脚本，打印包含字符串的文件名

Question

我有一个文件夹，里面有几个文件，我需要根据它们是都存在还是只有一个存在来组织/操作它们。

在我的名为folder1/checkthese/*.bam的文件夹中，这些文件是：

file1_aln.bam
file1_aln_sorted.bam

我有一个脚本来检查我是否有未排序的文件(它只是*_aln.bam)和排序的文件(*_aln_sorted.bam)，但我无法让我的脚本正确运行，这取决于它们是否都存在。

下面是我的迷你脚本：

for files in folder1/checkthese/*.bam 
do
    if [[ ${files} =~ "_aln.bam" ]] && [[ ${files} =~ "_aln_sorted.bam" ]]
    then                                                                                                                                                                                                         
          echo "both files exist, need to delete unsorted file only"
          echo "REMOVE $(basename ${files/_aln*}_aln.bam)"
          rm -f ${files/_aln*}_aln.bam            
    elif [[ ${files} =~ "_aln_sorted.bam" ]] && [[ ! ${files} =~ "_aln.bam" ]]                                                        
    then                                                                   
          echo "Only sorted file exists, all good"                             
    fi 
done

但这是我得到的输出：

Only sorted file exists, all good.

但显然，未排序的文件是存在的，所以出于某种原因，它跳过了循环的第一部分，并且没有删除_aln.bam文件。我不确定如何更改elif语句中的条件语句，以便如果只有_aln_sorted.bam文件存在，那么一切都是好的，我不需要删除任何内容。我认为我不应该在elif语句中使用&&，但我认为!本质上就是用于此的NOT布尔值。

Answer 1

伙计，你的比较不能做你想要的。

第一个比较是检查名称中同时包含_aln.bam和_aln_sorted.bam字符串的文件！第二个是检查名称中包含_aln_sorted.bam但不包含_aln.bam的文件！

所以这些比较在每次执行时都是在同一个文件上进行的！

你需要这样做：

#!/bin/bash

for file in /full_path/folder1/checkthese/*.bam 
do
    if [[ ${file} =~ "_aln.bam" ]]
    then                                                                                                                                                                                                         
          echo "Unsorted file was found! It will be removed!"
          echo "Removing the file named ${file}"
          rm -f ${file}
      echo "File removed!"
    elif [[ ${file} =~ "_aln_sorted.bam" ]]                                                        
    then                                                                   
     echo "${file} is a sorted file!"
    fi 
done

Answer 2

-编辑

好吧，我修复了我的原始脚本，它不使用布尔值来检查文件名中的字符串，而是检查文件是否存在。这对我很有效：

最初我也有这个脚本，但遇到了类似的问题：

for files in folder1/checkthese/*.bam 
do
    if [ -f ${files/_aln*}_aln.bam ] && [ -f ${files/_aln*}_aln_sorted.bam ]
    then                                                                                                                                                                                                         
          echo "both files exist, need to delete unsorted file only"
          echo "REMOVE $(basename ${files/_aln*}_aln.bam)"
          rm -f ${files/_aln*}_aln.bam            
    elif [ -f ${files/_aln*}_aln_sorted.bam ] && [ ! -f ${files/_aln*}_aln_sorted.bam ]                                                    
    then                                                                   
          echo "Only sorted file exists, all good"                             
    fi 
done

输出现在可以工作了。

Answer 3

我将提出一个不那么传统的解决方案，强调两点：

• 更喜欢使用文件列表，就像处理其他文本数据一样
• 将逻辑和破坏性操作分开(您可以检查要删除的内容)

首先创建一些测试文件

mkdir data
seq 1 5 | xargs -I{} touch 'data/file_{}_aln.bam'

# first three of them have their sorted equivalents
seq 1 3 | xargs -I{} touch 'data/file_{}_aln_sorted.bam'

首先，让我们检查一下我要删除哪些文件：

find data -name '*.bam' | sort | sed 's/_sorted//' | uniq -d

补充的是我还需要排序的文件：

find data -name '*.bam' | sort | sed 's/_sorted//' | uniq -u

在检查之后，我可以这样做来删除这些文件

find data -name '*.bam' | sort | sed 's/_sorted//' | uniq -d | xargs rm

最后检查是否所有未排序的内容都消失了，可以通过以下方式轻松完成

ls data/*_aln.bam 

# or to get some numeric results:
ls data/*_aln.bam | wc -l

当然，通常的警告也适用-使用合理的文件名，否则您必须使用find -print0 | xargs -0并处理后果。