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但是，当我尝试安装bowtie2 (conda install -c bioconda bowtie2)时，我得到以下消息：bowtie2
有什么问题吗？
浏览 19提问于2022-10-13得票数 0
下面是我使用的命令，是基于bowtie2的基因组序列比对： do done
因此，使用这个命令，bowtie2与我的所有文件对齐，但
浏览 2提问于2020-11-02得票数 1
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3回答
当我用Bowtie2选项调用-x <dir>时，我得到的错误是，我的索引不是Bowtie 2索引。我做错了什么？下面是截图：
浏览 15修改于2022-10-01得票数 0
当我尝试通过键入bowtie2，bowtie2 -- version，bowtie1 - inspect来确定bowtie2是否正确安装时，得到消息："Can't open perl script "Cbowtie2在python文件夹中查找的是什么？
浏览 20提问于2021-05-29得票数 0
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然而，当breseq使用bowtie2将原始数据与参考基因组对齐时，我遇到了一个致命的错误。bowtie2-build -q test_breseq/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference [system] bowtie2Error running command: [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --
浏览 51提问于2017-02-01得票数 3
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(注意:标记应该是tophat2和bowtie2，但我没有创建新标记的要点) [FAILED]版本信息： TopHat v2.1.0 Bowtie2
浏览 7修改于2015-12-30得票数 1
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为此，需要运行一些程序，如: bowtie2，samtools或bedtools，这些程序在Linux上可以很容易地通过anaconda下载，但在Windows上却令人头疼。os.system('source ~/.bashrc')#Using conda to install bowtie2, samtools and bedtools
os.system('conda install -c bioco
浏览 3提问于2020-12-20得票数 0
console output:**
(基地) mymac:~ D____$ conda创建-名称ngstools fastqc multiqc sra-tools samtools bowtie2收集包元数据(repodata.json)：完成解决环境:失败
samtools
浏览 27修改于2022-12-01得票数 1
我找不到一种方法在基于AWS linux的操作系统中安装Bioinformatics和其他受支持的软件包，而这些软件包在ubuntu中工作，他们的文档显示它们支持基于linux的操作系统。有什么命令可以解决这个问题吗？
浏览 63提问于2021-04-22得票数 0
我的目标是有效地将包含短DNA序列读取的bowtie2映射的bam文件转换为包含映射开始和百分比标识的简单表。我即将完成这一任务，但我的解决方案非常缓慢，无法处理一个重要的例外。
浏览 3提问于2015-09-23得票数 3
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Stumpy 221_L8_1.fq.gz 221_L8_2.fq.gz我需要做的是为它们中的每一个运行bowtie2命令，其语法为；所以我想要做的是
浏览 0提问于2020-10-20得票数 0
我有一个名为"bowtie2“的程序，我更改了终端中的默认路径：$bowtie2 --version但是当我从R中调用它时，它仍然是来自其他
浏览 1提问于2016-04-19得票数 0
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zcat ~/tools/sample66621D.fastq | bowtie2 -a - | samtools ->sample66621D.BAMzcat ~/tools/sample66623D.fastq | bowtie2 -a - | samtools->sample66623D.BAM
我试过了：
浏览 2修改于2016-04-15得票数 0
我在Windows上安装了“Ubuntu20.04”，然后通过conda安装了bowtie2：然后检查bowtie2版本。但是对于“Ubuntu20.04 on Windows”，因为在我运行之后，bowtie2与当前的GLIBC和glibc不兼容：安装此glibc后，conda不返回任何内容，mamba返回“分段错误”和
bowtie2升级到2.3.5.1。
浏览 43提问于2022-08-01得票数 0
@HD VN:1.0 SO:unsorted @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.1.0
如何使用awk或任何其他
浏览 0提问于2013-10-14得票数 0
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我还下载了bowtie2 zip文件，并将两个zip文件解压缩到同一个目录中。然后打开Perl命令提示符，并将目录设置为带有提取文件夹的目录。在将目录更改为Bismark文件夹后，我也尝试过这样做：Failed to execute Bowtie 2 porperly (return code of 'bowtie2and make sure it is in the PATH,
or specify the path to the Bowtie 2 with --path_to_bowtie2 /
浏览 12修改于2021-11-11得票数 2
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\RUN conda --version
Examining conflict for bedtools deeptools seacr python bowtie2 samtools ucsc-bedgraphtobigwigsamtools fastqc ucsc-bedgraphtobigwig ucsc-bedsorExamining conf
浏览 10修改于2021-03-04得票数 0
它的参数是在我的系统上的bowtie2 2构建位置和输出文件名。
如何在不对bowtie2 2构建位置进行硬编码的情况下为该函数编写测试？
浏览 1提问于2016-02-03得票数 1
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UI使用tophat (v2.1.0)运行此代码，以对齐从我的RNA-seq fastq文件读取(bowtie2 (v2.2.6.0))，使用bowtie2 genomes.bt2 indexes (Homo_sapiens_UCSC_hg19[2018-02-21 16:17:07] Mapping left_kept_reads.m2g_um_seg1 to genome genome with Bowtie2 (1/4)
[2018-02-21 16:18:13] Mapping left_kept_reads.m2g_um
浏览 1提问于2018-02-27得票数 0
f1=open("D:\\bowtie2\\posortowane_cale_test.csv","w") for yy in f: #print(y) with open ("D:\\bowtie2
浏览 0提问于2019-08-14得票数 0
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