问如何设置或更改R中的默认软件路径
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Stack Overflow用户

提问于 2016-04-19 20:06:35

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我有一个名为"bowtie2“的程序，我更改了终端中的默认路径：

$export PATH=/opt/NGS/bowtie2-2.2.8:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin
$bowtie2 --version
/opt/NGS/bowtie2-2.2.8/bowtie2-align-s version 2.2.8

但是当我从R中调用它时，它仍然是来自其他路径的旧版本：

> bowtie2="bowtie2"
> system2(bowtie2,"--version",stdout=TRUE)[1]
[1] "/usr/bin/bowtie2-align version 2.1.0"

我的问题是如何在R中更改程序的默认路径(使版本为“/opt/NGS/Bowtie2-2.2.8/bowtie2 2-调校-s版本2.2.8”，而不是“/usr/bin/bowtie2 2-对齐版本2.1.0")

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发布于 2016-04-20 00:20:09

您需要将export PATH=/opt/NGS/bowtie2-2.2.8:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin添加到主文件夹中的.bashrc(linux)或.bash_profile(mac)文件的末尾。

vi ~/.bash_profile

然后在文件末尾添加导出命令，否则它只适用于当前的shell会话。当您在R中使用system命令时，它会启动一个新的shell会话，而export命令将不适用于这个会话。

请参阅 command

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/36728394

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