我该如何运行这个Bismark Bisulfite测序程序？

Question

我对编码非常陌生，所以我不太确定如何处理这个问题。我想看看我们得到的一些数据，然后用俾斯麦对它们进行排序。我已经使用Trim Galore来削减读取，现在我想把数据输入俾斯麦。然而，我不太确定如何处理这个问题。在文档中，它说它需要Perl来运行，所以我从github下载了Perl和Bismark zip文件。我还下载了bowtie2 zip文件，并将两个zip文件解压缩到同一个目录中。然后打开Perl命令提示符，并将目录设置为带有提取文件夹的目录。我把这句话写在：

> \bismark\bismark_genome_preparation --path_to_bowtie ^ 
    C:\Users\sevro\Documents\Lab_Code\bowtie2-master --verbose ^
    C:\Users\sevro\Documents\Lab_Code\genome
The system cannot find the path specified.

在将目录更改为Bismark文件夹后，我也尝试过这样做：

> perl bismark
Failed to execute Bowtie 2 porperly (return code of 'bowtie2 --version' was 256). 
Please install Bowtie 2 or HISAT2 first and make sure it is in the PATH, 
or specify the path to the Bowtie 2 with --path_to_bowtie2 /path/to/bowtie2, 
or --path_to_hisat2 /path/to/hisat2

我尝试了一些其他的东西，但总的来说，我有点困惑如何准确地处理这个问题。我现在下载的东西：

Bismark zip文件- https://github.com/FelixKrueger/Bismark

Bowtie2 zip文件- https://github.com/BenLangmead/bowtie2

.fa格式的基因组组装

我想用fasta格式分析的数据

任何洞察力都会有帮助。

Answer 1

我认为Bismark和bowtie2只在本地支持Linux和macOS。如果您想在Windows上使用bismark，可以尝试通过Cygwin、MSYS2等*nix仿真系统安装它，或者简单地使用WSL。我在WSL上用Ubuntu20.04在Windows 11上测试了这一点：

• 下载64.zip并解压缩到~/bowtie2/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64文件夹。
• 下载Bismark-0.23.1.zip并解压缩到~/bismark/Bismark-0.23.1/
• 经过测试的安装： $ perl -这是perl 5，version 30，subversion 0 (v5.30.0)，为x86_64-linux-gnu-多线程(有50个注册补丁，更多细节见perl -V )$ perl -path_ to _bowtie2 2似乎运行良好(经过测试的命令'../../bowtie2/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64/bowtie2 --version‘2.4.4)输出格式是BAM (默认)没有找到系统上的-V。将使用GZIP压缩比对(.sam.gz)，没有指定Genome文件夹！下面是对命令行选项和参数的简要描述，这些选项和参数用于控制Bismark、bisulfite映射程序和甲基化调用者。俾斯麦接收FastA或FastQ文件并对读到指定的亚硫酸氢钠基因组。序列读取被转换为亚硫酸氢盐转换前链版本(C->T转换)或亚硫酸氢盐处理的反向链(G->前链的转换)。然后，每一条读码都对齐到亚硫酸氢盐处理的参考基因组的前链指数(C->T转换)和亚硫酸氢盐处理的基因组反向链指数(G->正向链的转换，通过这样做将产生相同的位置)。这4个Bowtie 2或HISAT2实例是并行运行的。然后将序列文件逐个序列地读取，以从基因组中提取出原始序列，并确定是否存在任何受保护的C。俾斯麦的最终输出默认为BAM/SAM格式，详见下文。用法:俾斯麦选项 {-1-2\}