安装"conda install -c asmeurer“后，conda和mamba出现故障(分段故障)。

Question

我是泰国微生物学家尝试使用命令行。我在Windows上安装了“Ubuntu20.04”，然后通过conda安装了bowtie2：

conda install -c bioconda bowtie2

然后检查bowtie2版本。是2.2.5，但我需要2.4.5。欺骗标签是奇怪的，像这个https://github.com/BenLangmead/bowtie2/issues/397，但这不是重点。

我在网上什么都试过了。最后，它以某种方式在MacOX上工作。

但是对于“Ubuntu20.04 on Windows”，因为在我运行之后，bowtie2与当前的GLIBC和glibc不兼容：

conda install -c asmeurer glibc

安装此glibc后，conda不返回任何内容，mamba返回“分段错误”和

bowtie2升级到2.3.5.1。(场景类似于这个https://www.biostars.org/p/433973/)。就像我打破了康达和曼巴一样。我需要卸载“Ubuntu20.04在Windows上”吗？或者我可以删除整个miniconda3文件夹，然后重新安装它吗？

先谢谢你

乔瑟尔

Answer 1

破坏的Conda环境可以使用Micromamba进行外部修复(请参阅这个答案)。不需要卸载东西。但是，如果您想要开始干净，它应该足够重新安装Conda。

请注意，用户一般都会有更好的体验，而不是在基础环境中工作。相反，为各种任务/项目创建专用环境。也就是说，使用

mamba create -n bowtie -c conda-forge -c bioconda bowtie2

此外，混合渠道可能导致问题。Bioconda在信道优先级方面有非常明确的要求。

channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults