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"afile.py", line 100, in <module> File "pysam/calignmentfile.pyx", line 2060, in pysam.calignmentfile.IteratorColumnRegion.__next__ ValueError:
浏览 2提问于2015-06-12得票数 0
安装了anaconda并使用了conda安装pysam，工作了一段时间但突然得到了这个错误。>>> import pysam File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/Users/Nick/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pysam
浏览 7提问于2015-03-19得票数 2
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我正在尝试手动安装pysam，因为我正在处理一个没有internet连接的集群，并且我没有管理权限(因此通过conda是不可能的，我已经尝试过了)。我通过运行(如说明中所示)尝试从解压缩存储库进行手动安装：但我得到了以下错误：Traceback (most recent call last):
File
浏览 6提问于2017-09-27得票数 0
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我不熟悉python并运行命令：
Collecting pysam ERROR'import sys, setuptools, to
浏览 28修改于2020-02-12得票数 4
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我正在尝试使用pysam.view()从BAM文件中过滤出某些对齐。我面临的问题是如何在过滤器中包含几个区域。pysam.view()模拟samtools视图命令，该命令允许用户进入由空格字符分隔的几个区域，例如：但是对应的pysam.view调用：
pysam.view(ops, bamfile, '1:2010000-20200000 2:2010000-202000
浏览 19提问于2016-02-24得票数 1
Macbook 10.12.6 Python 3.6.2 cython 0.28.5 pip18.0pip3 install pysamcreating但我试过pip3 install pysam==0.13、0.14和0.15，结果都是一样的。我真的不想处理安装conda的问题..。
浏览 3提问于2018-09-21得票数 0
然而，当我使用pysam来获取读取名和特定位置上的相关核苷酸时，我并没有得到这个数量(只有大约7000个阅读量)。我想只有当那个位置上的核苷酸与参考基因组不同时，我才能读到。这是我的代码：import csvmybam = pysam.AlignmentFile("
浏览 36提问于2016-09-25得票数 1
我想使用python的pysam模块访问bam文件，以仅获得该特定区域chr1和位置1599812的读取编号信息。
浏览 16修改于2015-06-10得票数 1
我试图从samtools中编写这个命令：作为像下面这样的python代码：
pysam.view("-S", "
浏览 4提问于2021-06-05得票数 0
我正在使用pysam，一个python库，用于读取Spark中的BAM文件。我创建了一个包含"BAM“数据的RDD。当我尝试filter数据时，使用类AlignedSegment(pysam库)的属性query_sequence，然后引发崩溃。运行data.count()和data.first()很好。这是我的代码：iter = samfile.fetch("20",
浏览 4修改于2016-05-20得票数 0
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，我需要用OQ作为附加字段，使用pysam向bam文件添加读取质量。比萨姆import argparseinfile_path = os.path.abspath(args.input)
outfile_path = os.path.a
浏览 19修改于2020-07-19得票数 0
我在尝试安装pysam。超负荷后：产生此错误：
unable to execute 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc
浏览 6提问于2017-09-27得票数 19
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Running pysam-0.7.4\setup.py -q bdist_egg --dist-dir c:\users\sam\appdata\loIn file included from pysam\csamtools.c:241:In file included from
浏览 0提问于2013-02-24得票数 0
我正在尝试在python3.4上安装pysam和pybedtools模块。但是我得到了一个错误： Using cached pysam-0.9.0.tar.gz # pysam: htslib configure options: None
Traceback (most recentstring>"
浏览 13修改于2016-04-22得票数 2
Traceback (most recent call last):import pysamFile "//anaconda/lib/python2.7/site-packages/pysam/__init__.py", line 5, in <module
浏览 13提问于2017-01-06得票数 3
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这里的最终目标只是导入pysam。但是，为了做到这一点，我首先导入了一套称为galaxy的工具，pysam就是其中之一。如果在命令行中先加载galaxy，然后进入python交互shell，然后导入pysam，则导入成功。#!galaxy/galaxy", shell=True)import pysamcad
浏览 1修改于2014-06-13得票数 1
使用pysam可以实现此功能吗？用户可以很自然地使用pysam.AlignmentFile()打开给定的BAM文件，然后使用pysam.AlignmentSegment()访问各个段，例如
seg = AlignmentSegment
浏览 33修改于2020-09-17得票数 1
files.pythonhosted.org/packages/15/e7/2dab8bb0ac739555e69fo' Completeoutput (23 lines):
# pysam: cytho
浏览 3提问于2019-12-20得票数 0
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