如何使用pysam.view()将SAM转换为BAM

Question

我希望使用比萨姆库将我的SAM文件转换为BAM。我试图从samtools中编写这个命令：

samtools view -S -b sample.sam > sample.bam

作为像下面这样的python代码：

pysam.view("-S", "-b", "sample.sam", ">", "sample.bam")

根据这个文档。但不幸的是它不起作用。我该怎么做呢？我应该在此之前创建一个空的BAM文件，还是会自动创建它？最后，我犯了一个错误：

stdout=b'\x1f\x8b\x08\x04\x00\x00\x00\x00\x00\xff\x06\x00BC\x02\x004\x01\x9dQMO\x83@\x10\xa5G\xfa#\xccz\xb3\x87\xfd\xa2\xa0\x86\x83\xa9\xad\xd86i\t\x16\xc3u\xb3P\xc0&，：SamtoolsError：‘SamtoolsError工具返回的错误1：PvcC\xff\xa6\x7f\xc8\xc5\x88&\xe8\xc1xx\x99\xc9\xbcyy\x937\xf3\xfb\xed\xe8md\x18\xb3\xf0\xc9\x0c}\xd7"\x90\x90)a\xa1\xc5\xe8.\xcdX\xd2&\x8cPv\xb9\xf2"\xb8\x8av\xac\xac\xd6\xa5L\x1ben\xf4\xee\xed\xf5x\x16，\xcd\xf5\x83\x1b\x9f\xb8\x19\xf8\x1f%\xf2]\x82n\x10u`C\xa9M\xcc\xc5\xa6\x1b\x03\x91\n\x00\x95E\x00\x9c[\x00>；\x00\xcb\xa4\xe1*y\xc1\xbcP\x82\x97e\x8c\xfde\xc8\x1e\x97\xd4\xc1\xbd\x99\x97W\r\x1e\\x84\x89\xcd\x9a\x94\xef%\x13\xbc\xae\xd3=\xde\xf2z\xd1&\x84~5l\xa0@\x19\x97\x8a\xff\xdfo\xfa\xe9\x97\x1dJ^\x0ci\x16z(；\xa2\xfc\xdc\'!\xb9PUU\xc8.\x8e\xef>\xe8\xa3\xa1\x88\x12pU\xb7\x9a\x9at\xd1\xf4+\xe0\xf5\x90\x9e\x00\x0c\x01\x8c\x01\xac\x00V\xa2\xee\x10g\xb6<\xe6\x9a\xfei\x1bxH\x8b\xc1\xdd\xefT\xcc\xc5X\x7f\xd5\x98h\xfc\xf5\xa7\xc6\x85V\xbc\x03\xb7nn4\x10\x02\x00\x00\x1f\x8b\x08\x04\x00\x00\x00\x00\x00\xff\x06\x00BC\x02\x00\x1b\x00\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'，stderr=main_samview随机对齐检索仅适用于索引BAM或CRAM文件。\n‘

提前谢谢你！

Answer 1

你有没有试过把标准杆关掉？

pysam.view("-S", "-b", "sample.sam", ">", "sample.bam", catch_stdout=False)

Answer 2

您可以使用pysam.sort函数将SAM转换为BAM。

pysam.sort("-o", "sample.bam", "sample.sam")