无法用Python3.6中的pip安装pysam

Question

Macbook 10.12.6 Python 3.6.2 cython 0.28.5 pip18.0

我试着安装pysam：

pip3 install pysam

它总是在以下几个地方碰到一个错误：

creating build/temp.macosx-10.6-intel-3.6/htslib/cram
htslib/cram/cram_io.c:63:10: fatal error: 'os/lzma_stub.h' file not found
#include "os/lzma_stub.h"
         ^~~~~~~~~~~~~~~~
1 error generated.
error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

本期、这和这似乎都是版本问题。但我试过pip3 install pysam==0.13、0.14和0.15，结果都是一样的。

有什么建议吗？

我真的不想处理安装conda的问题..。

Answer 1

我的错！pip3 install pysam==0.13真的很有用。把这个留给后人。

Answer 2

显然，您缺少了lzma，它现在是xz库(https://tukaani.org/xz/)的一部分。安装它，看看它是否有效。在OSX中，您可以使用自制的：brew install xz安装它。

另一种选择是安装htslib (http://www.htslib.org/download/)或samtools (可以在htslib url中找到)。