未能安装pysam 0.13

Question

我一直没有在macOS高中安装pysam 0.13。总结一下我的两个错误：

htslib/htslib/hts.h:142:9: error: missing ',' between enumerators
    json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget,
        ^
        ,  htslib/htslib/hts.h:142:29: error: expected '= constant-expression' or end of
      enumerator definition
    json HTS_DEPRECATED_ENUM("Use htsExactFormat 'htsget' instead") = htsget,
                        ^

产生2处错误。

错误:命令“gcc”失败，退出状态为1

有什么好办法吗？

Answer 1

事实上，我解决了这个问题，所以问题就出在这个问题上。解决办法：

export HTSLIB_LIBRARY_DIR=/usr/local/lib
export HTSLIB_INCLUDE_DIR=/usr/local/include
pip install pysam

问题在于相同目录中的htslib库相互矛盾。

Answer 2

有时，软件需要修改(补丁)才能在特定的操作系统上工作。或者当您安装了较旧的头文件时，它将不会生成。或者需要一个不同的编译器。

由于您的系统(macOS)缺乏良好的本地包管理，我建议您使用一个具有自己的包管理器的发行版，例如蟒蛇。

这样的发行版有很多预编译包(如pysam)可用。他们能帮你节省很多时间。