无法执行'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'：没有这样的文件或目录(pysam安装)

Question

我在尝试安装pysam。

超负荷后：

python path/to/pysam-master/setup.py build

产生此错误：

unable to execute 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc': No such file or directory
error: command 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1

有类似的线程，但它们似乎都解决了管理员权限的问题，而我没有这个问题。有没有办法安装所需的文件？

免责声明:这个问题来源于我以前的一篇文章。manually installing pysam error: "ImportError: No module named version"，但由于它可能需要一种不同的方法，所以我提出了一个自己的问题。

Answer 1

看起来Anaconda有一个新版本(4.3.27)，它将C编译器路径设置为一个不存在的可执行文件(这是一个令人尴尬的错误；我相信他们很快就会修复它)。我在使用最新的Miniconda安装pip时遇到了类似的问题，我用4.3.21版本修正了这个问题，并确保我没有做类似于conda update conda的事情。

请参阅https://repo.continuum.io/miniconda/，它有发布日期和版本。

Answer 2

如果使用conda安装R，您也可以在安装一些R包时收到相同的错误(就像我以前一样)。

然后，只需通过执行：conda install gxx_linux-64来安装包，就可以使用该命令。

来源：https://github.com/RcppCore/Rcpp/issues/770#issuecomment-346716808

Answer 3

现在更新conda应该是安全的。在Linux-64的下列python包中修复了这个问题：

• Python3.6.2-h0b30769_14.tar.bz2
• python-2.7.14-h931c8b0_15.tar.bz2
• python-2.7.13-hac47a24 47a24_15.tar.bz2
• Python3.5.4-hc053d89_14.tar.bz2

问题就像乔恩·里尔( formerly )所描述的--我们(Anaconda，前身为连续公司)用一个新的GCC包构建了我们所有的软件包，这个包是我们使用交叉平台ng创建的。这个包裹没有gcc，它有一个前缀gcc --你看到的缺少的命令，x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc。这会被烘焙成python，任何用python构建的扩展都会寻找编译器。我们已经使用添加到python3.6中的_PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME变量修复了这个问题。我们已经将其移植到python 2.7和3.5中。现在您将只看到使用默认编译器(gcc)的python，并且必须将_PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME设置为适当的文件名，以便使用新的编译器。设置这个变量是我们将放入编译器包的激活脚本中的东西，因此您不必担心它。不过，我们可能需要一两天的时间才能获得新的编译器包，因此，如果您想使用新的编译器并需要帮助入门，请在conda-build问题跟踪器上发布问题。

相关的代码更改见：

• py27：https://github.com/anacondarecipes/python-feedstock/tree/master-2.7.14
• py35：https://github.com/anacondarecipes/python-feedstock/tree/master-3.5
• py36：https://github.com/anacondarecipes/python-feedstock