ValueError:迭代"Pysam“时出错

Question

我遇到了这个错误，我在解决它时遇到了麻烦。这是我得到的结果：

Traceback (most recent call last):
 File "afile.py", line 100, in <module>
   for col in bam.pileup( chrm, ps1, ps1+1,truncate=True):
 File "pysam/calignmentfile.pyx", line 2060, in pysam.calignmentfile.IteratorColumnRegion.__next__
  (pysam/calignmentfile.c:23305)
 ValueError: error during iteration

在此之前非常感谢。

Answer 1

我最近遇到了这个问题。在我的例子中，根本原因是.bai bam索引文件过时了。在我用samtools index XXX.bam重新生成它之后，pysam崩溃就消失了。