在python中，使用os.system调用模块，然后基于此调用python模块

Question

我目前正在写一个python脚本。

这里的最终目标只是导入pysam。但是，为了做到这一点，我首先导入了一套称为galaxy的工具，pysam就是其中之一。

如果在命令行中先加载galaxy，然后进入python交互shell，然后导入pysam，则导入成功。

但是，我的脚本是这样的：

#!/usr/bin/env python

import subprocess

subprocess.call("module load galaxy/galaxy", shell=True)
subprocess.call("module load ngs-ccts/tabix/0.2.6", shell=True)
import pysam

caddfile=pysam.Tabixfile( "/scratch/share/public_datasets/ngs/databases/CADD/v1.0/whole_genome_SNVs_inclAnno.tsv.gz" )
for gtf in caddfile.fetch(1, 100000, 200000):
    print(gtf)

对我来说，这似乎概括了我在交互式shell中所做的事情，它是有效的。

但是，该脚本会出现错误并返回：

Traceback (most recent call last):
  File "pysampracticer.py", line 7, in ?
    import pysam
ImportError: No module named pysam

为什么脚本无法导入它，而相同的一系列命令可以在命令行上工作，然后是python交互式shell，我应该如何处理这个问题，以总结在交互式shell上获得的结果？

Answer 1

subprocess.call("module load galaxy/galaxy", shell=True)
subprocess.call("module load ngs-ccts/tabix/0.2.6", shell=True)

加载子进程中的模块。它不会影响当前进程。

不仅如此，这两个调用还创建了两个独立子进程。在第一个子进程中，加载了galaxy/galaxy模块，但没有加载ngs-ccts/tabix/0.2.6模块。在第二个子进程中，加载了ngs-ccts/tabix/0.2.6，但没有加载galaxy/galaxy模块。