pysam模块导入会导致错误。

Question

难以定义导致此错误的原因。

安装了anaconda并使用了conda安装pysam，工作了一段时间但突然得到了这个错误。

>>> import pysam
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Users/Nick/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pysam/__init__.py", line 125, in <module>
    [ "SamtoolsError", "SamtoolsDispatcher" ] + list(SAMTOOLS_DISPATCH) +\
AttributeError: 'module' object has no attribute '__all__'

查看文件中的内容，相应的代码是

# hack to export all the symbols from csamtools
__all__ = \
    csamtools.__all__ + \
    ctabix.__all__ + \
    cvcf.__all__ +\
    [ "SamtoolsError", "SamtoolsDispatcher" ] + list(SAMTOOLS_DISPATCH) +\
    ["Pileup" ] 

知道是什么原因造成的吗？

Answer 1

好的，使用conda卸载，也可以使用pip卸载，然后pip重新安装似乎可以修复它。

模块的其他部分仍然会出现一些错误，但是正在进行修复。

谢谢你的建议！