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下面的代码效果很好： pybed_BAM = pybedtools.BedTool("path/to/sorted/bam")
bedpe = pybed_BAM.bam_to_bed().to_dataframe() 然而，当然，它会产生一个普通的bed文件。如果我尝试将bedpe参数添加为pybed_BAM.bam_to_bed("-bedpe")或pybed_BAM.bam_to_bed("bedpe")，则会失败，并显示： T
浏览 38提问于2021-06-22得票数 1
我有一个.bed文件，其中包含1000行，每行中的单词用制表符(\t)分隔。如果我们把每个单词看作一列，那么每一行都有12列。我需要一种将这个.bed文件转换成矩阵的方法，这样我就可以轻松地访问它的列。例如，我需要访问第12列。有什么方法可以做到吗？我已经试过了： data = np.genfromtxt("myFile.bed")
但它不能正常工作。有人能帮我吗？
浏览 7提问于2014-08-08得票数 2
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import gzip#compresses the .bed example file data = input_file.read() with gzip.open("example.bed.gz", "wb") as filez: fil
浏览 3修改于2020-09-18得票数 0
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我试图使用perl将一个.bed文件分割成多个基于染色体的文件。例如，我的输入文件是example.bedchr1 12595 12721chr2 887378我的理想输出是两个.bed文件：chr1 12190 12227chr2.床
chr2 876522 876688
浏览 2修改于2015-11-04得票数 2
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我有大约80个包含前3列的bed文件(例如: X2_example.bed，其中X2是基因名称)，我想添加第四列带有基因名称的文件并重命名该文件(附加的示例: X2_example_edited.bed，Y2_example_edited.bed等..)，然后将这些文件合并在一起创建1个bed文件。我可以使用基因名称添加第四列，并使用代码以不同的名称保存文件
sed 's/$/\tX2/' < X2_example.bed &g
浏览 10修改于2017-01-20得票数 1
我有一个带有标记的.fam、.bed和.bim文件，供几个人使用。我需要将其转换为VCF文件。
有人能帮我创建一个VCF文件吗？有没有开源工具可以做到这一点？
浏览 9修改于2020-10-02得票数 0
pool1/bam echo "print current:$x";done它将BED文件写入目录，但这些文件都是空的。
浏览 117修改于2020-11-17得票数 1
17:18:39 Found .bed format data data_WTCCC_f_650.bed17:18:39 shellfish error: Trying to create link to original data file data_WTCCC_f_650.bed, but link file shellfish-temp-16297/848716990677.bed al
浏览 2提问于2015-11-14得票数 0
我试图通过使用来自.bed R包的函数bed2vcf将bedr文件转换为bedr文件。我尝试了以下代码： bed2vcf("cromXmerged2_pruned_removed_sex_mr_hh_sex_pop.bed",
filename = cromXmerged
浏览 3修改于2020-08-16得票数 0
我可以知道如何从fasta文件中提取dna序列吗？我试过床上工具和工具。贝德工具公司做得不错，但我的一些文件返回了“警告:在fasta文件中没有发现染色体”，但事实是床文件中的染色体名与fasta完全相同。我正在寻找其他可供选择的选项，python可以为我完成此任务。chr1 1:117223140-117223856 3 7Fasta档案：
期望产出：
浏览 5修改于2020-10-02得票数 0
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我正在尝试使用bed文件(自制)从基因组中提取fasta序列。bed文件如下所示(以制表符分隔)： LQNS02278165.1 13104710 13109495 +
LQNS02278165.1 9139127 9142308bedtools getfasta -s -fo strand_genome.fa -fi genome.fa -bed f.blast_genome.bed -fullHeader >LQNS02278165.1
浏览 40修改于2020-10-02得票数 2
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我正在尝试使用来自RSeQC的RSeQC脚本，它需要一个由制表符分隔的12列.bed文件作为引用。为此，我使用gff2bed脚本将.gff3文件从Ensembl转换为.bed格式。一位同事告诉我，他也尝试在Ensembl文件上使用gff2bed，这种格式对他来说也不正确。有什么解决办法吗？
我对不同的.gff3 Ensembl文件进行了相同的尝试，结果是相同的。我也用同样的结果尝试了gtf2bed。
浏览 7提问于2019-09-27得票数 0
,strand}}' file.fa.out > file.bed 我如何修改它才能得到我想要的东西？我想过要应用paste，但我不知道如何将它应用于所有的序列
浏览 6提问于2019-05-30得票数 0
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list: code.append(x) #find direction of each bed=[] newList.append("E:\\newdata\\" + list[i])#read the bedfiles one after another, sa
浏览 61修改于2020-12-14得票数 0
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我的目标是从基因组坐标(origin.bed)创建一个定制的蛋白质序列参考文件(origin.bed)。(origin.bed；与染色体，起始，结束，TranscriptID，链，GeneID)谢谢!
浏览 5修改于2022-08-16得票数 0
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大家好，我正在处理基因型数据，我有床，bim和fam文件与GWAS的汇总统计。因为个人数量很多，所以我想从我的二进制文件中随机抽取3000份。换句话说，我想对二进制文件进行子集。你知道我怎样才能用plink，R或python来做到这一点吗？
浏览 7修改于2022-07-09得票数 0
import os #handles the gzipped output like the example fileout_file_root+chrom_name+".bed" file_handle_dict
浏览 29修改于2020-09-18得票数 0
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prev): 0x00000000007bed40 ***/lib64/libc.so.6(+0x76508)[0x7f12d024e508]
浏览 0修改于2019-01-26得票数 -5
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