如何将Ensembl .gff3转换为12列.bed

Question

我正在尝试使用来自RSeQC的RSeQC脚本，它需要一个由制表符分隔的12列.bed文件作为引用。为此，我使用gff2bed脚本将.gff3文件从Ensembl转换为.bed格式。当我运行它时，我只会收到错误，告诉我该文件不是12列格式。一位同事告诉我，他也尝试在Ensembl文件上使用gff2bed，这种格式对他来说也不正确。有什么解决办法吗？

我对不同的.gff3 Ensembl文件进行了相同的尝试，结果是相同的。我也用同样的结果尝试了gtf2bed。

Answer 1

我想出办法了。我使用了gff3ToGenePred，然后是来自UCSC实用程序的genePredToBed工具。这将输出一个12列的.bed。