使用bed2vcf函数将床文件转换为vcf

Question

我试图通过使用来自.bed R包的函数bed2vcf将bedr文件转换为bedr文件。

我尝试了以下代码：

  cromXvcf <- 
  bed2vcf("cromXmerged2_pruned_removed_sex_mr_hh_sex_pop.bed",
 filename = cromXmerged, zero.based = 1, header = NULL, fasta = "/media/iriel/Cosmos/Doctorado/Proyectos/Cromosoma X/Bases dedatos/human_g1k_v37.fasta")

然后抛出以下错误：

验证区域*检查输入类型..。失败错误:不确定输入格式是什么！is.valid.region(x)中的错误：

有人能分辨出什么可能是错的吗？对于如何在不使用Perl的情况下进行此转换，还有任何其他建议吗？

Answer 1

然后，我还检查了我的参考文献中的染色体为ChR1.22，而不仅仅是1.22。我检查过的另一件事是我的床铺文件被整理好了。

x <- read.table("cromXmerged2_pruned_removed_sex_mr_hh_sex_pop.bed")
x$V1 <- as.character(x$V1)
x$V4 <- as.character(x$V4)
sapply(x, mode)
y <- bed2vcf(x, zero.based=True, header=NULL, fasta="/media/iriel/Cosmos/Doctorado/Proyectos/Cromosoma X/Bases dedatos/human_g1k_v37.fasta")

对我来说很好。