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社区首页 >问答首页 >如何恢复gzipped .bed文件的原始格式

如何恢复gzipped .bed文件的原始格式
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Stack Overflow用户
提问于 2020-09-18 06:12:14
回答 1查看 170关注 0票数 0
代码语言:javascript
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   import gzip#compresses the .bed example file
   input_file = open("example.bed","rb")
   data = input_file.read()
   #convert_data = bytearray(data)
   with gzip.open("example.bed.gz", "wb") as filez:
        filez.write(data)
   filez.close()

   #failed attempts
   with gzip.open("example.bed.gz", "r+") as fileopen:
   output=fileopen.read()
   output
   print(output)
   
   #this works but not in the desired manner
   import pandas as pd
   df=pd.read_csv("example.bed.gz", delimiter='\t',header=1 )
   df.to_csv('exampleziptotxt.bed', index=False) 

gzipping之前的格式=‘chr8 8\t 59420123

格式从打开和阅读gzipping=b‘and 8\t 59420123\

我尝试过对utf-8进行解码,结果得到了一个字节冲突。

上面的脚本gzip是一个标签分隔的.bed文件,我想解压缩它,并在gzip之前以完全相同的格式获得原始的.bed文件(例如,只是倒转gzip)。如能就如何做到这一点提出任何建议,将不胜感激。

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回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2020-09-18 19:41:08

代码语言:javascript
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   import pandas as pd file
   df=pd.read_csv("example.bed.gz", delimiter=',',header=0 )
   df.to_csv('exampleziptotxt.bed', index=False) 

我只需要将分隔符从"\t“调整为",”,它就会恢复原来的格式

票数 0
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/63950239

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