子集PLINK二进制文件(BED、BIM和FAM)

Question

大家好，我正在处理基因型数据，我有床，bim和fam文件与GWAS的汇总统计。因为个人数量很多，所以我想从我的二进制文件中随机抽取3000份。换句话说，我想对二进制文件进行子集。你知道我怎样才能用plink，R或python来做到这一点吗？

Answer 1

您可以使用PLINK来实现这一点。首先，创建要子集的个人列表，并将其命名为individuals.txt。接下来，运行以下命令为individuals.txt中的个人创建一个单独的二进制文件

plink --bfile toy --keep individuals.txt --make-bed --out toy_subset

希望这能有所帮助。