以bed格式从R导出文件

Question

我有一个这样的data.frame：

 tab ->
                                    elements   scaffold   start     end Lengths
1             Dong-1_NVe_R4_Nematostella12_1 KQ415659.1   14193   14540     347
2                  OK_SINE2/tRNA_Octopus44_1 KQ415659.1   68391   68626     235
3               RTE-8_NV_RTE_Nematostella6_1 KQ415659.1   69123   69884     761
4                    Simple_repeat_(TCTT)n_1 KQ415659.1   70693   70827     134
5                RTE1-N1_LA_RTE_Loxodonta1_1 KQ415659.1   83088   83298     210
6                  OK_SINE2/tRNA_Octopus93_5 KQ415659.1   91375   91569     194
7             Mariner1_BT_Mariner/Tc1_Bos3_3 KQ415659.1  101964  102378     414
8       Simple_repeat_(TA)nSimple_repeat96_1 KQ415659.1  104735  104877     142
9                       AmnSINE2SINE/Deu30_2 KQ415659.1  110117  110255     138
10     Simple_repeat_(CATA)nSimple_repeat4_1 KQ415659.1  110622  111165     543
11      Simple_repeat_(TTA)nSimple_repeat9_1 KQ415659.1  112842  112959     117
12                       TS2_SINE_Solanum4_1 KQ415659.1  117206  117467     261
13              RTE-8_NV_RTE_Nematostella6_3 KQ415659.1  118195  118433     238

我想把它从R导出到bed格式。有人能帮我吗？

Answer 1

像BED、GFF和其他一些规范试图对数据帧的列进行标准化。因此，只需按正确的顺序获取数据帧的列，然后编写表即可。

有3个必填字段，然后还有几个可选字段，即as described by the folks at UCSC。按照描述，把你的数据框写到一个表中，你就可以了。

bed <- tab[,c('scaffold', 'start', 'end', 'elements')]
colnames(bed) <- c('chrom', 'chromStart', 'chromEnd', 'name')
write.table(bed, "file.bed")