将BED文件转换为WIG文件

Question

你知道有什么方法可以很容易地将床上文件转换成假发吗(用R或其他程序)？

你能给我一些指导吗？

Answer 1

看看rtracklayer包，特别是下面的手册页：

 ?import
 ?export

Answer 2

下面是一个如何将.bed转换为.wig的具体示例。正如@Paolo暗示的那样，这是一个简单的过程：

library(rtracklayer) #bioconductor

bed_loaded <- import(con="~/Downloads/my_bed.bed.gz", format="bed") #no need to unzip .gz
# bed_loaded <- import.bed(con="~/Downloads/my_bed.bed") #if you unzip 

export.wig(object=bed_loaded, con="~/Downloads/bed2wig.wig")

请注意，import和export都有方法(wig、bed、bigwig或bw等)。您可以直接使用它们，而不指定方法，而是指定format参数。

这个GitHub tutorial将会很有帮助。