pybedtools bam_to_bed() bedpe

Question

我觉得自己很傻，但我不能理解下面的语法，我已经在谷歌上搜索了一段时间了。

非常简单，我有一个bam，我想转换成一个脚本内的pybedtools床铺。

下面的代码效果很好：

pybed_BAM = pybedtools.BedTool("path/to/sorted/bam")
bedpe = pybed_BAM.bam_to_bed().to_dataframe()

然而，当然，它会产生一个普通的bed文件。如果我尝试将bedpe参数添加为pybed_BAM.bam_to_bed("-bedpe")或pybed_BAM.bam_to_bed("bedpe")，则会失败，并显示：

TypeError: handle_kwargs() keywords must be strings

不幸的是，bam_to_bed() page没有提供语法解释，只是命令行工具帮助的复制粘贴。上面的尝试试图借用其他pybedtools函数的语法，但显然是不正确的。我遗漏了什么？

PS文件很好，因为从命令行到bedtools bamtobed的转换工作正常。

PPS我想避免子进程管道，而使用pybedtools

Answer 1

有了帕特里克·阿特纳的建议，我找到了解决方案

pybed_BAM.bam_to_bed(bedpe=True)完成了这项工作！