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我使用的是GATK和samtools、vcftools、bcftools的组合。我想过滤我的.vcf文件，这样它就可以删除读取次数少于10次的所有条目。看起来vcftools可以用来做这个。我的代码是： vcftools --vcf "$fn" --out "$fn"_dp10 --minDP 10 --recode --recode-INFO-all 但是，它不会过滤掉任何内容。
浏览 59提问于2021-01-25得票数 1
我正在尝试使用vcftools包来计算weir和cockerham的fst。我想在第一个例子中循环两对种群，然后在1000基因组项目的所有变体上循环这些种群:每个染色体包含一个单独的vcf文件。population | cut -d '_' -f1)
vcftools
浏览 6修改于2021-01-03得票数 2
我试图在mac上安装vcftools。看看之前关于这个问题的文章，我确信我已经得到了Mac开发工具()。我遵循了官方文档()中推荐的程序。当我从命令行运行时：
.
浏览 1修改于2018-05-15得票数 1
vcftools --vcf ALL.chr1.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5.20130502.genotypes.vcf --weir-fst-pop POP1如何让Vcftools输出a，b，c的值？
浏览 11修改于2020-10-05得票数 2
下面是使用tabix从特定区域获取VCF文件的代码，然后使用vcftools中的“保存”选项对特定(欧洲)人口进行筛选。= "" ]; then
vcftools --vcf temp.vcf --keep $POP_FILE --recode --recode-INFO-all > temp2.vcf 2> /
浏览 8修改于2020-10-05得票数 0
我正在运行Ubuntu16.10下的EMBL脚本(在这里可以找到)，我已经按照需要安装了Vcftools和Tabix，并且这两个工具都经过了相应的测试。at /home/[user]/vcftools_0.1.13/perl/Vcf.pm line 172.at /home/[user]/vcftools_0.1.13/perl/Vcf.pm line 172.at /home/[user]/vcftoo
浏览 10修改于2020-10-05得票数 2
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我对Linux环境很陌生，并试图安装一个生物信息学包(vcftools - )。$make安装Installing VCF toolsg++ -c -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 vcftools.cpp -o vcftools.o
g++ -MM -O
浏览 6修改于2018-05-15得票数 0
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此错误如下所示：[ 7%] Building CXX object CMakeFiles/m3vcftools.dir/src/Main.cpp.o/hpc/home/lsiwzyj&
浏览 1提问于2020-06-29得票数 1
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我正在使用一个名为vcftools的软件，它存在于Ubuntu存储库中。当我在我的Ubuntu14.04中使用sudo apt-get install vcftools时，我得到了一个最新版本(v0.1.11)，而当我在Ubuntu12.04服务器上做同样的操作时，我得到了一个非常旧的软件版本有没有办法在Ubuntu12.04上使用apt获得更新版本的vcftools？
浏览 0提问于2014-08-22得票数 0
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brlmm-p.confidences.txt")
Can't locate IO/Zlib.pm in @INC (@INC contains: /software/linux-el7-x86_64/tools/vcftools-0.1.16/installer/vcftools-vcftools-954e607/src/perl /opt/moab/lib/perl5 /usr&
浏览 1修改于2020-10-08得票数 1
我正在尝试安装一个程序()，它的Makefile代码如下：# Author: Adam Auton# Output executable# Flag used to turn on compilation of PCA routinesifndef VCFTOOLS_PCAendif
# C
浏览 7修改于2018-05-16得票数 2
这就是我所看到的：
所以，好的，我提取并复制他们的VCFtools文件夹到ubuntu的主文件夹。
浏览 0修改于2020-10-21得票数 1
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Parallelhaplo.shecho "Parallelhaplo"
waittime vcftools--vcf GATK/MergedSample_gather.raw.vcf --min-meanDP $3 --recode --out vcftools/MergedGATKdp2.vcftime g
浏览 0修改于2019-07-04得票数 1
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请让我知道其思想是对于regionstextfile (包含基因组坐标)中的每一行，在vcf.bz文件中运行一个名为tabix的程序，然后使用输出运行带有指定选项的vcftools
浏览 4修改于2018-05-16得票数 2
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locate Vcf.pm in @INC (you may need to install the Vcf module) (@INC contains: /home/703404669/Scripts/vcftools-vcftools-ea875e2locate Vcf.pm in @INC (you may need to install the Vcf module) (@INC contains: /home/703404669/Scripts/vcftool
浏览 6修改于2021-01-03得票数 0
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-type f -name '*.vcf' \
-exec vcftools --vcf GENO_FILT_GQ20.recode.vcf --max-missing 0.7 --out filtered ';'\-exec vcftools --vcf GENO_FILT_GQ20.recode.vcf
浏览 1修改于2021-01-03得票数 0
当我将vcf文件转换为ped格式(使用vcftools或使用vcftools或vcf转换为1000 G)时，遇到的问题是，没有dbSNP ID的变体的ID以ID的形式获得该变体的基对位置。
浏览 2修改于2020-10-02得票数 1
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runs/RNASeq/STAR-master/bin/Linux_x86_64:/illumina/runs/RNASeq/hisat2-2.1.0:/home/703404669/Scripts/vcftools-vcftools-ea875e2
浏览 9修改于2019-01-22得票数 8
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