用vcftools筛选出DNA重复序列

Question

我试着从DNA序列读取中筛选出重复序列。为此，我有：

• grw_vcf_filtered_2.vcf作为输入文件，
• grw_repeatmasker_runner_combined.bed以重复位置过滤out
• grw_repeats_removed.vcf作为输出文件。

但是，在运行4分钟后，我仍然得到了错误：grw_repeats_removed.vcf not such file or directory。

这是我的代码：

module load bioinfo-tools vcftools

cd $SNIC_TMP #making temporary file 

cp /proj/snic2020-2-25/nobackup/violeta/grw_vcf_filtered_2.vcf /proj/snic2020-2-25/nobackup/violeta/grw_repeatmasker_runner_combined.bed ./

vcftools --vcf grw_vcf_filtered_2.vcf --out grw_repeats_removed.vcf --exclude-positions grw_repeatmasker_runner_combined.bed

#copy from current location -temporary file- to my directory 

cp ./grw_repeats_removed.vcf /proj/snic2020-2-25/nobackup/violeta/

Answer 1

不推荐使用vcftools；

使用bcftools

使用选项

-T, --targets-file [^]FILE        Similar to -R but streams rather than index-jumps. Exclude regions with "^" prefix

援引：

bcftools view -O v -o grw_repeats_removed.vcf --targets-file ^grw_repeatmasker_runner_combined.bed grw_vcf_filtered_2.vcf