问如何使用vcftools按读取深度进行过滤？
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Stack Overflow用户

提问于 2021-01-25 16:31:33

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我正在尝试建立一个工作流程来分析我的scRNA-seq数据。我使用的是GATK和samtools、vcftools、bcftools的组合。我想过滤我的.vcf文件，这样它就可以删除读取次数少于10次的所有条目。看起来vcftools可以用来做这个。我的代码是：

vcftools --vcf "$fn" --out "$fn"_dp10 --minDP 10 --recode --recode-INFO-all

但是，它不会过滤掉任何内容。对此有什么想法吗？

Kind问候Cora

发布于 2021-01-25 17:03:24

我刚刚找到了答案！我不得不使用--mean-minDP而不是--minDP。

Kind问候Cora

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https://stackoverflow.com/questions/65881276

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