在linux -技巧中重定向vcftools文件

Question

下面是使用tabix从特定区域获取VCF文件的代码，然后使用vcftools中的“保存”选项对特定(欧洲)人口进行筛选。

####select specific population
if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
    vcftools --vcf temp.vcf --keep $POP_FILE --recode --recode-INFO-all > temp2.vcf 2> /dev/null
else
    cp -f temp.vcf temp2.vcf    
fi

PROBLEM：它创建recode.vcf文件，但是重定向不会发生，因为temp2文件是空的

Answer 1

我将避免使用vcftools，而是使用bcftools (https://github.com/samtools/bcftools)：

if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
  bcftools view temp.vcf -S $POP_FILE -o temp2.vcf
else
  cp -f temp.vcf temp2.vcf
fi

要安装bcftools，请执行以下操作：

git clone --branch=develop git://github.com/samtools/bcftools.git
git clone --branch=develop git://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib && make && cd ..
cd bcftools && make && cd ..
sudo cp bcftools/bcftools /usr/local/bin/