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准备使用Ubuntu和tabix运行Perl文件
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Stack Overflow用户
提问于 2012-07-31 17:13:52
回答 1查看 732关注 0票数 1

我不知道Ubunto或Perl,但仍然需要在其上安装和运行程序。这就是我所看到的:http://vcftools.sourceforge.net/docs.html

在安装部分,它说:

要构建vcftools可执行文件,请在vcftools文件夹中键入"make“。 Perl脚本要求VCF文件由bgzip压缩,并由tabix索引(这两个工具都是tabix包的一部分,可在这里下载)。这两个工具都必须位于PATH环境变量中列出的目录中。要运行Perl脚本,必须将PERL5LIB环境变量设置为包含Vcf.pm模块。 导出PERL5LIB=/path/to/your/installation/perl

所以,好的,我提取并复制他们的VCFtools文件夹到ubuntu的主文件夹。然后我说了“让”它产生了错误,然后我去下载了tabidx工具,但是从这一点我不知道该如何处理它,好吧,我下载tabidx,但是接下来做什么,怎么做?

谢谢。

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回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2012-07-31 17:59:04

代码语言:javascript
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find / -name Vcf.pm

如果这只给了1行--你可以这样做:

代码语言:javascript
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export PERL5LIB=$( dirname $( find . -name Vcf.pm ))
票数 2
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/11745507

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