对所有子目录中的文件执行分析，并在每个子目录中保存输出？

Question

在父目录中，我有几个子目录，每个子目录都包含一个应该对其执行分析的.vcf.gz文件。我想对所有子目录中的所有.vcf.gz文件运行以下命令。我尝试使用折叠代码，但是结果文件没有保存在相应的子目录中。它保存在主目录中，每次被下一个覆盖时。

    find . -type f -name '*.vcf'      \

   -exec vcftools --gzvcf {} --minGQ 20 --recode --out GENO_FILT_GQ20 ';'   \

   -exec vcftools --vcf GENO_FILT_GQ20.recode.vcf --max-missing 0.7 --out filtered  ';'\

   -exec vcftools --vcf GENO_FILT_GQ20.recode.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2  ';'\

   -exec /home/bioinformatics/Dokumente/pipeline_test/annovar/convert2annovar.pl \
    -format vcf4 GENO_FILT_GQ20.recode.vcf \
    -outfile ALL_genepy.input \
    -allsample \
    -withfreq \
    -include 2>annovar.log ';'\

   -exec /home/bioinformatics/Dokumente/pipeline_test/annovar/table_annovar.pl \
        ALL_genepy.input \
        /home/bioinformatics/Dokumente/pipeline_test/annovar/humandb/ \
        -buildver hg19 \
        -out ALL_genepy \
        -remove \
        -protocol refGene,gnomad_exome,cadd13,eigen,revel,gwava,dann \
        -operation g,f,f,f,f,f,f \
        --thread 40 \
        --maxgenethread 40 \
        -nastring . >>annovar.log';'\

    -exec cut -f 18- ALL_genepy.input > a1';'\

    -exec zgrep '^#CHR' GENO_FILT_GQ20.recode.vcf | cut -f 10- > b1';'\

    -exec cat b1 a1 > ALL_temp';'\

    -exec paste ALL_genepy.hg19_multianno.txt ALL_temp > ALL_genepy.meta';'\

    -exec rm a1 b1 ALL_temp #remove';'\

    -exec mkdir CADD13_RawScore Eigen GWAVA_region_score GWAVA_tss_score dann REVEL ';'\

    -exec grep "^Chr" ALL_genepy.meta> header ';'\

    -exec chmod +x GENEPY_1.2.sh ';'\

    -exec while read gene; do

  sh GENEPY_1.2.sh $gene
done < gene.list ';'\
done

Answer 1

exec运行该命令，它不是“语法感知的”，也不是特殊的。如果你写：

find blabla -exec blabla 2>something ';' -exec blabla >something ';'

重定向是由shell 解析的，而不是由find解析的。这和：

find blabla -exec blabla ';' -exec blabla  ';' 2>something >something
                                               ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ - redirections
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ - the command with argumnets

丢弃所有的exec，只需执行一个while循环：

find blabla |
while IFS= read -r f; do
    : use "$f" here
done

阅读https://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/001并使用http://shellcheck.net检查脚本