Bash疑难解答:不是有效的标识符

Question

这里的初学者正在尝试在bash中使用管道。如果有人知道原因，当我运行以下命令时，我会得到：

-bash: `$i': not a valid identifier,

这将是非常有帮助的。另外，如果还有其他错误，请让我知道

for $i in /home/regionstextfile; do tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz $i | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt; done

其思想是对于regionstextfile (包含基因组坐标)中的每一行，在vcf.bz文件中运行一个名为tabix的程序，然后使用输出运行带有指定选项的vcftools，然后将所有输出放入genomesregions.txt文件中。

Answer 1

肯定是这样的：

for i in `</home/regionstextfile`
do 
  tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz $i | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt
done

当你使用一个变量(例如，给它赋值或导出它，或者对变量本身做任何事情)时，你写的是不带$的名称；当你使用一个变量的值时，你写的是$。

编辑：

如果区域名称包含空格，但每个区域位于单独的行中，则需要while

cat /home/regionstextfile | while read i
do 
  tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz "$i" | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt
done

Answer 2

没有cat也是一样的：

while read i
do
  tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz "$i" | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt
done < /home/regionstextfile

备注:除非<file.txt =‘’，否则无法工作

OLDIFS="$IFS"
IFS=''
for i in `</home/regionstextfile`
do
  tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz $i | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt
done
IFS="$OLDIFS"