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我正在尝试在Centos 6.5上安装pymol。运行setup.sh之后，看起来一切正常。但是当我启动pymol时，我得到了这个错误：有什么需要帮忙的吗？
浏览 22提问于2014-10-15得票数 1
我使用了PYMOL中的两个函数" bond“和"fuse”来形成这个绑定。" bond“运行良好，但一旦我重新打开文件(这就是我所说的”稳定“)，该键就不再存在了。"Select residues PYMOL> bond pk1，pk2 or PYMOL> fuse pk1，pk2 (选择残留物和键合线，选择或选择熔断器)
有什么建议吗？
浏览 4提问于2014-09-18得票数 0
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我试图加载一个mrc文件，生成它的地图，然后保存图像，问题是它只保存一个空白图像，我运行的代码如下： from pymol import cmd
cmd.load('./6vof.mrc', ' 6vof
浏览 45提问于2021-02-10得票数 0
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我正在尝试在我的系统上安装程序pymol (https://apps.ubuntu.com/cat/applications/raring/pymol/) (我有Ubuntu13.04)。我已经尝试通过这个链接到软件和终端使用sudo apt-获取安装pymol。然而，它总是说它找不到包裹。
浏览 0修改于2015-05-25得票数 1
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我正在尝试使用pymol从pdb文件中绘制蛋白质结构。pdb_name = str(Brick.part_attrib(self,'uniprot_id'))p
浏览 2修改于2015-03-13得票数 2
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我想在我的python脚本中调用PyMOL菜单中的一个向导。我的脚本是使用wx库的python代码。有没有人知道有没有可能这样做？
浏览 4提问于2013-02-01得票数 0
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我已经在wxpython中使用matplotlib创建了一个联系人地图，现在我想要做的是与pyMOL建立一个‘连接’。我希望我的程序像CM-视图，当你悬停在联系人地图上的点上时，它显示了PyMOL上的2个联系人，显示了他们之间的一条线。还有一些事情，比如告诉pyMOL只选择1条链。所以基本上我想把数据从我的图形用户界面发送到pyMOL，让它做一些事情，比如将鼠标悬停在联系人上，或者告诉pyMOL做一些事情。
浏览 1提问于2013-03-01得票数 0
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我已经下载了pymol并在我的mac上使用。我从“应用程序”文件夹打开它。我可以在其中成功地运行python脚本。但是，我不能在该脚本中导入任何库。有没有一种方法可以让anaconda将pymol应用程序看作一个环境，然后我可以将库添加到其中？对不起，如果这个问题有一个非常简单的答案，我是新手编程。
浏览 0提问于2019-07-05得票数 4
我在试着运行生物技术软件pymol。它找不到cmd.py模块。但是，它位于一个目录中，该目录位于$PYTHONPATH中。[mzhKU_work] @ modules $ python launch_pymol.py File "launch_pymol.py", line 32, in <module> File "/Users/mzhKU_wor
浏览 2修改于2016-05-08得票数 1
我使用Pymol来加载pdb文件以进行分子表示。使用PyMol python库，我将柱面创建为cgo (编译图形)对象。示例代码如下：from pymol.cgo import *pymol.finish_launching()
pymol.cm
浏览 2修改于2015-07-09得票数 1
我试图从python (wxpython )调用当前的PyMOL会话，然后从PyMOL加载一些数据，并向PyMOL发送少量命令。( None, message = 'Set PyMOL directiry', style = wx.OPEN) # Pymol= moddir
pymol.finish_launching()
浏览 3修改于2017-05-23得票数 0
完成后，一个方法导入pymol模块，并使用pymol.cmd API在PyMOL会话中显示结果。这一过程类似于以下几点： import pymol pymol.cmd.alter(...)
...中显示结果，我希望只有在安装和运行PyMOL时才能这样做。很容易检查是否安装了PyMOL
浏览 13提问于2012-08-08得票数 2
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我已经编写了一个python脚本，它获取上游结果并将其输出为pml脚本(一系列PyMoL命令)。当我在pymol中运行该文件时，一些命令会运行，但命令行返回'Invalid selection‘Selector-Errors。remove 3MPF当脚本在PyMoL中运行时，它会说： please wait ...PyMOL>create 3MPFB63,3MPF and
浏览 5修改于2017-08-08得票数 0
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我能问一下Pymol是否允许用户通过用户定义的值来设置原子颜色吗？例如，我想根据所有原子的生化特征给它们着色，羽毛被认为是RGB值，假设R G B等于feature1 feature2 feature3，我如何在Pymol中做到这一点？我尝试使用cmd.getcolor()，但是它返回的值没有被识别为RGB颜色，在Pymol中有没有其他函数可以调用来获取原子颜色？
浏览 17修改于2012-11-01得票数 1
我正在开发一个环境，我相信我必须安装pymol模块。我对这些事情不熟悉，也不知道如何解决这个问题。有人能指引我吗？这是我用来调用环境的命令：这是脚本的命令：这是一个错误：
追踪(最近一次调用)：文件"pymol_align.py"，第4行，在导入pymol ImportErr
浏览 0提问于2020-07-30得票数 0
因此，我正在使用一个PyMOL脚本来查找蛋白质(在上找到)的表面残基。我需要它来编写一个文本文件，其中包含当前在PyMOL会话中选择的蛋白质的名称。就我所搜索的而言，我找不到PyMOL命令来获取所选蛋白质的名称。有没有更有PyMOL经验的人有关于如何实现这一点的想法？
谢谢
浏览 0提问于2014-02-06得票数 1
如何在Python中保存Pymol电影？我所能做的就是将帧保存为png文件cmd.png()并播放电影cmd.mplay()。
浏览 3提问于2016-05-09得票数 0
我在E:\{my\folder\directory}\pymol2\PyMOL-2.3.2_81-Win64-portable-py37\PyMOL\PyMOLWin.exe上安装了pymol C:\Python36上安装了python 但是，在Pycharm中运行python脚本时，import pymol收到ModuleNotFoundError: No module named 'pymol'我认为，这是因为python环境中没有嵌入pymol
浏览 289提问于2020-09-18得票数 0
我想通过bash script.How在pymol控制台中运行命令，我能做到吗？下面是我的代码，但它不工作。####
export PYMOL_PATH="$(dirname "$(readlink -f "$0")")"
# other environment variable
浏览 1提问于2015-06-05得票数 1
当你打开PyMOL时，有一个Python解释器在运行，所以我想我可以用它来安装软件包，因为我不能在PyMOL目录中使用Python和sys.path。你对我有什么建议？
浏览 2提问于2014-09-30得票数 0
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