PyMol:通过Python向结构中添加虚线

Question

我使用Pymol来加载pdb文件以进行分子表示。使用PyMol python库，我将柱面创建为cgo (编译图形)对象。

示例代码如下：

import pymol
from pymol.cgo import *
import sys

pymol.pymol_argv = ['pymol', ''] + sys.argv[1:]
pymol.finish_launching()

pymol.cmd.load('1V6R.pdb')   # This is a pdb protein file.

cyl = [CYLINDER,x1,y1,z1,x2,y2,z2,radius,r1,g1,b1,r2,g2,b2]

pymol.cmd.load_cgo(cyl, 'cylinder')

pymol.cmd.hide(representation='everything', selection=str(pymol.cmd.get_names()[0])

pymol.cmd.show(representation='ribbon', selection=str(pymol.cmd.get_names()[0]))

pymol.cmd.orient()

运行此python脚本后，PyMol将使用以下表示形式打开：

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在上面的图像中，蛋白质带(绿色)是从pdb文件中加载的，而柱体(白色)是cgo柱面对象。

我想要的是能够编写脚本，将虚线添加到表示中，但似乎没有用于虚线的cgo。在最坏的情况下，我可以看到必须在同一条“射线”上编写一堆圆柱体，并将其称为虚线，但我显然更喜欢一种更简单的方法。

有没有一种使用PyMol python脚本来表示虚线的方法？

Answer 1

我认为您想要的是使用距离命令