用PYMOL创建“稳定”键

Question

我想通过两个残基的侧链在两个残基之间创建一个内酰胺桥(肽键)，从原始的肽序列(pdb文件)开始。我使用了PYMOL中的两个函数" bond“和"fuse”来形成这个绑定。" bond“运行良好，但一旦我重新打开文件(这就是我所说的”稳定“)，该键就不再存在了。"Fuse“根本没有显示出这种联系。

Select residues PYMOL> bond pk1，pk2 or PYMOL> fuse pk1，pk2 (选择残留物和键合线，选择或选择熔断器)

有什么建议吗？

Answer 1

Pymol不会自动将数据保存回pdb文件。保存Pymol携带的所有状态的一种简单方法是编写.pse文件。要创建一个带有将在Pymol中显示的任意焊接的pdb文件，您可以添加CONECT记录。为此，您只需使用文本编辑器打开pdb文件并手动添加记录即可。